科學化
科學化是就過程而言，新時期兩岸關係的最鮮明特點是和平發展，最顯著成就是聚同化異，最突出標誌是穩中求進；面對這三種歷史性變化，兩岸關係和平發展制度建設要準確把握不同發展階段的主要矛盾以及矛盾主要方面，根據不同的矛盾特點進行對症下藥、正本清源的破題、定調、立論、實踐，型塑出具有兩岸特色的永久和平、永續發展、終極統一之路。
如前所述，兩岸關係和平發展制度建設的核心問題是要解決兩岸關係和平發展的程度和水準與兩岸人民群眾日益增長的交流交往需求之間的基本矛盾，共同防範“台獨”威脅與共同抵禦經濟全球化風險是題中應有之義。胡錦濤總書記在2008年12月31日重要講話中，科學地把兩岸關係的紛爭與對抗區別為兩種性質⑤：一是“歷史遺留的問題和發展過程中產生的新問題”，其性質“不是主權和領土再造，而是結束政治對立”，解決方式是建立互信、平等協商；二是“台獨”分裂活動，對其必須堅決反對、分化瓦解。
兩岸關係的發展進程，是一個不斷鞏固互信、積累共識、解決問題、化解矛盾、深化合作、開創新局的過程。在此進程中，一是要堅持以人為本、全面、協調、可持續的科學發展觀，切實推動兩岸關係和平發展形成良性迴圈、開創利好新局，避免兩岸關係停滯不前或嚴重倒退。二是要繼續貫徹落實“建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏”的基本思路，通過個案研究、共同研究、二軌交流、一軌協商的方式逐漸破解兩岸關係的政治難題以及結構性矛盾。三是要穩步拓展“先易後難、先經後政、把握節奏、循序漸進”的基本途徑；通過平等協商、政經互動、重點突出、全面推進的方式逐漸化解兩岸關係的不確定性和高度或然性。
大眾化
大眾化是就動力而言，兩岸關係發展的主體是兩岸同胞，動力來自兩岸同胞，生命力也來自兩岸同胞；兩岸關係和平發展制度建設只有深入並契合兩岸人民群眾的經濟生活、政治生活、社會生活、文化生活等客觀條件，才能夠得到廣大人民群眾的理解和擁護從而具備雄厚的時代基礎。正如馬克思在《德意志意識形態》所指出，作為上層建築的“國家制度”只不過是個人之間迄今所存在的交往（即生產關係）的產物。因此，“一切社會變遷和政治變遷的終極原因，不應當在人們的頭腦中，在人們對永恆的真理和正義的日益增進的認識中去尋找，而應當在生產方式和交換方式的變更中去尋找；不應當在有關的時代的想像中去尋找，而應當在有關的時代的經濟學中去尋找。”⑥ |
