更要注意的是，馬當局現在最強調的就是“中華民國在台灣”，還希望大陸及國際間的承認，尋求“中華民國在台灣”的長遠發展與安全，很難令人不擔心台當局的“獨台”傾向。
（三）、在南海爭議及釣魚島問題上不顧及中華民族整體利益，與美建美台安全夥伴，有加入共同圍堵中國陣營意願。
馬英九經常掛在嘴邊的對外政策，就是“親美、友日、和中”，深究一下，“親美、友日”是台的戰略，而擺在後面的“和中”，是為“親美、友日”戰略服務的戰術，“親美、友日”是目標，“和中”僅是手段而已。這種對外戰略，實在要不得，口口聲聲稱是炎黃子孫，美、日、中三者面前一排列，馬的選擇，第一是美國，第二是日本，第三才是中國大陸。
馬英九6月22日會貝美前國安顧問瓊斯時表示，非常歡迎美國重返亞洲，希望能獲美方協助，讓台灣能參與有意義的國際組織活動。
與台灣行政部門及軍方關係密切的美2049計劃協會，其執行董事斯托克斯近期表示，台灣對於五角大樓的空中和海上戰鬥戰略來說，扮演重要角色，具有非凡意義。他稱，如果美國防部與奧巴馬總統需要重新部署在太平洋的軍力，那麼調整與台灣的軍事關係非常重要。他說，台灣在亞太可助美軍“一臂之力”。
5月初，台外事部門官員在“立法院”就維護釣魚島與南海主權進行報告時說，台當局維護釣魚島及南海主權作為時，“絕不會與中國大陸共同處理”。
台“國防部”副部長楊念祖接受美國防新聞訪問時稱，一旦中國大陸控制台灣並設立軍事基地，台灣將成為中國大陸擴張南海軍事活動的踏板，當然不符合美國利益，如果台灣未來由於“政治整合”，成為“中國一部分”，美國將在亞太地區失去重大利益。他在談及南海問題時特別強調，我們絕不會讓中國大陸踏上太平島一步，這是我們的領土一部分，由我們治理，沒有任何妥協的空間。
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