檢方認為，王立軍明知薄谷開來涉嫌故意殺人卻故意包庇，不去追究犯罪嫌疑人的刑事責任。王立軍自述：“到重慶以後，我就經常去薄谷開來家。我覺得薄谷開來對我挺不錯的。我明知該案如果他殺成立，會是重大案件，但為了不得罪薄谷開來，我迴避了這個案件。”
“打了耳光”與出走
起訴書稱，2007年底，時任錦州市公安局局長王立軍與薄谷開來結識。後王立軍被調往重慶市，一直與薄谷開來一家來往密切。但雙方矛盾在“11.15”案之前已有伏筆。
薄谷開來回憶，2011年8月12日其子薄某某有事想見王立軍，後者身在重慶市區拒絕見面，就讓司機說自己在萬州，結果薄某某夜赴萬州途中險遭車禍。這招致薄谷開來不快。
2011年12月14日，薄谷開設宴邀請李陽、王鵬飛、王智等人，以安撫參與“11.15”案件辦理、替自己掩蓋殺人行為的警員。王立軍對薄谷開來不斷折騰、使知情面不斷擴大產生不滿。
王立軍在供述中稱，第二天，郭維國帶著王智和王鵬飛來到北京。“我當著郭維國的面把王智和王鵬飛罵了一頓。我認為應該是我罵他們的話傳回了重慶。從去年12月14日以後，薄谷開來就跟我變臉了，接觸的時候就不一樣了，沒有以前熱情了，開始對我防備。”這一情節亦獲得郭維國、王鵬飛、王智等證言的佐證。
2011年12月底，王立軍身邊四名工作人員被非法審查。王立軍和薄谷開來的矛盾越來越大。相關證人證言顯示，今年1月28日，王立軍向當時的重慶市委主要負責人反映薄谷開來在“11.15”案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥，並被打了耳光。
當時在場的郭維國在訊問筆錄中稱：“打了王立軍，這個矛盾就公開化了。”
當日，王立軍安排李陽等人重新調取證人證言，妥善保管尼爾.伍德的心血等關鍵物證，重新整理薄谷開來涉嫌故意殺害尼爾.伍德的證據材料，並提供了其秘密錄音資料，後又將整理的卷宗交由李陽等人轉移、保管。
王智在訊問筆錄中稱：“1月29日，王立軍把我和王鵬飛、李陽喊到他辦公室，讓我們重新整理案件卷宗。我們花了好幾天時間製作了卷宗。王立軍讓我、王鵬飛和李陽分開保管，要放在安全的地方。”
今年2月2日，王立軍的重慶市副市長工作分工被調整，不再兼任重慶市公安局局長職務。2月初，王立軍身邊另外三名工作人員又被非法審查。深感自身處境危險的王產生叛逃想法。王立軍以洽談工作為由，藉故取消2月6日原定的公務安排，於當日14時31分私自進入美國駐成都總領事館。
起訴書顯示，在美領館內，王立軍與美領館官員就環境保護、教育、科技等事項作了短暫交談後，即稱因查辦案件人身安全受到威脅，請求美方提供庇護，並書寫了政治避難申請。
經重慶市和中央有關部門勸導，王立軍於2月7日23時35分自動離開美領館，願意接受調查。根據其舉報，公安部啟動對尼爾.伍德死亡案件的複查。
濫用職權與受賄
在王立軍案偵查過程中，有關方面陸續接到對其涉嫌濫用職權、受賄的反映和檢舉。
起訴書顯示，2010年以來，王立軍身為重慶市公安局局長，違反國家有關法律規定，未經批准或者偽造批准手續，先後對多人使用技術偵查措施。
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