據日本財務省統計，早在２005年，日本國際經常項目收支盈餘為11.36萬億日元，多於日本對外貿易盈餘10 .35萬億日元，這表明日本對外經貿關係開始從“商品輸出為主”轉向“資本輸出為主”。特別是進入21世紀以來，日本對外直接投資快速增加。日本貿易振興機構公布的數據顯示，截至2010年底，日本對外直接投資累計餘額從2000年底的2780億美元增加到8300億美元，增加近兩倍。日本對外直接投資急劇增加主要是中國與亞洲其他國家和地區的市場不斷擴大。直到20世紀90年代初，日本“還把中國視為威脅”。美國《洛杉磯時報》2004年10月17日刊登詹姆斯.弗拉尼根題為《日本發現與中國的共生關係》的文章援引日本貿易振興機構負責人渡邊的話說：“但隨後我們發現，在加工產品時，中國需要日本的零部件特別是尖端零部件。”因此，1996年，日本決定不再在低端、低成本產品生產上與中國展開競爭。相反，日本開始將重點放在生產高技術、高附加值產品。到2006年3月底為止，日本在華實際投資餘額達546億美元，已占日本對外直接投資累計餘額的15%。
2007年美國次貸危機，不僅引發了20世紀30年代大蕭條以來最嚴重的全球金融危機，而且導致世界經濟陷入1945年第二次世界大戰結束以來最嚴重的衰退。但是，中國經濟持續快速增長和市場不斷擴大，中國已經成為日本企業最大的“加工廠”和轉口貿易基地。2011年，日本企業在華實際直接投資達63 .3億美元，比上年增加55%，分別比美國企業在華投資23 .7億美元(同比減少26.23%)和歐盟企業在華投資52.7億美元(同比減少5 .42%)高出67%和20%。截至2011年底，日本在華直接投資累計餘額已達799億美元，而中國企業在日本直接投資累計額僅9 .92億美元。兩國企業擴大相互投資仍有巨大潛力和廣闊前景。2012年1-6月，日本企業在華直接投資達40 .7億美元，同比增加16 .74%，美國企業在華直接投 資 為1 3 . 3億 美 元 ， 同 比 減 少1.21%，歐盟企業在華直接投資為29.3億美元，同比增加4.02%。日本在華直接投資累計餘額已占日本對外直接投資累計餘額的10%，約占中國引進外商直接投資總額的7%。中國對日本出口的60%以上是在華日資企業生產的產品，即所謂“日日貿易”。美國蘋果公司開發的媒體播放器iPod，每台售價為299美元，美國獲得設計、專利和營銷收入133美元(其中蘋果公司得到80美元)，而日本東芝等公司得到93 .39美元，中國僅得4美元(其中組裝費3美元)。美國詹姆斯敦基金會網站9月7日發表該基金會成員林和立的文章認為，中日兩國經濟的共生關係也許會促使兩國政府採取合理措施解決主權爭端。
第二次世界大戰結束後，日本一些政治家追隨美國實施敵視中國的政策。周恩來總理精心導演了“民間先行，以民促官”的外交實踐。1972年2月下旬，美國總統尼克松訪問中國，作為美國盟國的日本政要，事前竟然一無所知，被稱為“越頂外交”、“尼克松衝擊”。在日本廣大群眾的支持下，時任日本首相田中角榮於9月25日率領日本政府代表訪問中國，9月29日中華人民共和國政府和日本國政府簽署並公布《中日聯合聲明》說：“中日兩國是一衣帶水的鄰邦，有著悠久的傳統友好歷史。兩國人民切望結束遠久存在於兩國間的不正常狀態。戰爭狀態的結束，中日邦交的正常化，兩國人民這種願望的實現，將揭開兩國關係史上新的一頁。”據日本中央大學教授服部健治統計，中日貿易額從1972年的11億美元增加到2008年的2663億美元，擴大241倍，其中：日本出口從6億美元增加到1240億美元，擴大207倍；日本進口從4 .9億美元增加到1423億美元，擴大289倍。據國際貨幣基金組織統計，從1990年到2009年，日本對中國貿易順差累計達到1864 .3億美元，以對中國出口為特征的“中國特需”成為日本擴大“外需”、“內需”和經濟增長的強大動力。
2008年全球陷入金融危機以來，發達國家主權債務危機此伏彼起、經濟增速普遍放慢，而中國經濟持續快速增長，2010年中國G D P達到59303 .93億美元，超過日本G D P54884 .24億美元，2011年日本經濟規模與中國的差距 進 一 步 擴 大 ， 中 國GDP達 到7 2 9 8 1 . 4 7億 美 元 ， 相 當 於 日 本G D P58694 .7億美元的124%。據日本《朝日新聞》介紹，在中國出口總額中，對日本出口所占比重已經從2011年的16 .9下降至2011年的7 .8%，包括進口額在內的整體對日貿易額也同樣出現下降的趨勢，目前日本是繼歐盟、美國和東盟之後的中國第四大貿易夥伴。但另一方面，中國對於日本卻變得越來越重要。日本對中國出口占其整體出口的比重已經由2001年的7.7%升至2011年的19 .7%。據日本貿易振興機構提供的數據，2011年中日貿易額是日美貿易額的近兩倍，日本對美國貿易在日本對外貿易總額中所占比重已經從1990年的27 .4%降至2011年的不到12%。據中國海關統計，2011年中日貿易額達到3429億美元，比上年增長15 .1%，其中：中國出口額為1483億美元，中國進口額為1946億美元，中國貿易逆差達463億美元。《朝日新聞》2012年9月12日刊登一篇文章認為，中國已是日本最大貿易夥伴，如果兩國在尖閣諸島(即中國釣魚島及其附屬島嶼)問題上劍拔弩張殃及經濟，那麼其影響是難以估計的。
良好的政治環境和國與國關係，是兩個國家發展經貿關係的基石。日本非法“購島”鬧劇已經對中日經貿關係造成負面影響。日本駐華大使丹羽宇一郎10月20日在母校名古屋大學發表演講表示，自己非常擔憂，在最壞情況下，日中邦交正常化40年來的成果將毀於一旦。
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