首先，它以民間的漁業協議的名義掩蓋了外交談判的實質。雖然雙方歷次漁業會談均以“台灣亞東關係協會”與“日本交流協會”名義進行，但其人員由台灣“外交部”“漁業署”“海巡署”組成，日方也以外務省、農林水產省、海上保安廳組成，實質上仍具有“官方”的性質。台灣當局還將其升高到“國安層級”，顯然是將“台日漁業會談”視為“台日外交磋商”。
其次，該文件仍有“以主權換漁權”之嫌。協議第4條規定“本協議之所有事項或為實施而採取之措施，均不得認為影響雙方具權限之主管機關有關海洋法諸問題之相關立場”。從字面理解，該協議不影響雙方各自對釣魚島“主權”的主張。協議文本上並未規定協議是否適用於釣魚島領海內，但在4月10日台灣外事部門的新聞稿中指出，該協議並不適用於“釣魚台列嶼周邊12海里”。如果在該協議執行階段，台灣漁船和執法船放棄進入釣魚島領海作業和執法，那麼協議就不能排除“以主權換漁權”之嫌。
再次，按理說，此協議不限制第三方的權利。從國際法的角度來看，當事雙方簽署的協議對第三方無約束力。“台日漁業協議”只對台灣和日本的漁船有約束力，第三方船只，包括大陸的漁船在協議海域仍可按原來的方式作業，不應受到任何影響。對在該海域的其他性質的船只，如公務執法船、海洋調查船、油氣勘探船等作業和活動也不產生任何影響。
協議簽訂後可能產生的影響
首先，改變海上力量對比。一是日本可以專心應對大陸執法船。從2012年以來，日本在釣魚島面臨大陸海監、漁政和台灣海巡署執法船的雙重壓力。對於日本海上保安廳而言，相對於政府公務船，其實漁船更難於應對。這次簽訂漁業協議，可以將原來用於應對台灣漁船的力量轉向大陸海監和漁政執法船。二是製造兩岸之間的矛盾。單從協議本身本看，協議只對台灣和日本的漁船有約束力，第三方漁船在協議海域仍可按原來的方式作業。但協議簽訂後，台灣海巡署署長王進旺就表示“將驅離到27°以南作業的大陸漁船”。
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