其次，台日雙方借協議擴大了海上執法範圍。該協議雖然突破了台灣劃定的暫定執法線，海巡署執法範圍得到了擴充，但是協議海域也超過了日本主張的中間線，向中間線以西延伸了10海里~20海里，面積約為6190平方公里，這意味著該協議也給了日本海上保安廳突破中間線執法的借口。
再次，混淆國際視聽。這次漁業協議的簽訂，不僅使日本不費一槍一彈就化解了來自台灣一方的維權力量，還將中日間因日本購島引發的島嶼主權爭議引向漁業資源開發。此舉可能給國際社會帶來一個錯覺：日本致力於維護地區穩定，十餘年的漁業爭端都可以解決，以此反襯和詆毀中國大陸在釣魚島的維權執法。
同時，使中日解決東海及釣魚島問題更加複雜。雖然協議第4條明確了“不影響雙方各自對釣魚島主權的主張”，暫時模糊了台日間的釣魚島主權之爭，但這只是權宜之計。中日間釣魚島主權爭議及與之相關的專屬經濟區和大陸架劃界、海域資源共同開發等問題仍將長期存在。“台日漁業協議”的簽訂，為目前複雜的東海和釣魚島問題增加了一個新的不確定因素，使未來中日解決東海及釣魚島問題更加複雜。
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