已經劃入歷史文化保護區的南池子地區曾在2002年經歷過大規模改造，並建造了一片仿古商業住宅，當時有多位院士和文保專家對南池子地區改造提出質疑，指出該項目並未保護歷史真實性和歷史原貌，改造模式也並未採取“微循環式”，違背了《北京歷史文化名城保護規劃》和《北京舊城歷史文化保護區保護和控制範圍規劃》，若是北京的歷史文化保護區都效仿這一做法，將會造成嚴重的後果。
北京市政協特邀委員、《城記》和《拾年》的作者王軍表示，歷史街區的變遷，需要時間與文化的積澱，只能採取有機更新的機制，才能有效地保護和恢復歷史街區風貌。周孝正指出，北京舊城區僅占全市面積的5%，但已集中了城市總量50%的交通和商業，城市中心區的交通擁堵不斷加劇，環境質量也每況愈下，土地過度開發與利用的惡果日益顯現，當務之急，除了疏解人口，同時應分解城市功能，只要以舊城區改造為發展目標，歷史文化保護區就不可避免地遭受破壞。
對於如何保護歷史文化保護區並落實其規劃的問題，歷史文化名城專家委員會委員謝辰生認為，北京的歷史文化保護區及歷史街區，成為了特有的文化資源和人文遺產，形成了古都的整體環境，當前應該切實保護好已經規劃並確定的歷史文化保護區及其歷史建築。
金汕指出，人們不應該遺忘當年拆毀北京城牆的慘痛歷史教訓，近年來大量地拆毀胡同、四合院及歷史街區，是在重蹈覆轍，重犯當年的錯誤。
北京歷史文化保護區改造的爭論，勢必將增強市民的文保意識，政府部門和決策者只有廣泛聽取社會意見的表達，才能作出理性的判斷和抉擇。 |
