2013年7月9日，“南海當前法理挑戰與兩岸合作”學術研討會，菲律賓提出的仲裁案成為討論的主軸。吳士存指出，兩岸的合作方式，首先，繼續推動南海院與國關中心每年出版的《南海形勢評估報告》，並以中英文版本出版；兩岸探討相關渠道對菲仲裁案表達共同立場，發出兩岸學術界的聲音；其次，兩岸組成研究U形線的共同課題組，正式將U形線法律地位向國際社會公佈；其三，大陸方面認為南海爭端中的台灣因素不應忽視，在準備行為準則的談判中，台灣的角色須與大陸討論；其四，台灣應成立“影子專家團隊”應對菲律賓提出的仲裁案，並與大陸進行溝通；其五，兩岸共同研究南沙群島的領海基線；其六，目前大陸已經控制黃岩島和仁愛礁，台灣應加以呼應和協廵，尤其是仁愛礁；最後，南海院將應對菲律賓提交的仲裁案在該院網站開闢英文網站，支撐網站的文章從兩岸學者之間邀稿，成為國際學術界理解兩岸民間立場的管道。此種圍繞仲裁案刺激下的兩岸合作，致使兩岸必須直面九段線的定義。
2013年12月26日，延伸與中南海院的合作，以南海院為重要支柱的南京大學中國南海研究協同創新中心主辦的“兩岸南海問題研究圓桌會議”中，劉復國在總結發言中就“斷續線問題”、“能源問題”、“漁業資源問題”、“人才培養”、“輿情與公共外交”、“國際仲裁案”、“周邊國際關係”、“島礁定位掌握”等八個方面提出了具體建議，強調南海問題解決中“歷史性”與“當下性”的結合，顯示兩岸對南海歷史聲索與當前周邊甚至域外國際社會的挑戰，已經刻不容緩。
（二）《南海地區形勢評估報告》的成果回顧
2011年8月首度合作以來，迄今已連續3年由兩岸南海研究學者參與共同撰寫《南海地區形勢評估報告》。報告分別為南海地區形勢評估、中國大陸的南海政策作為、台灣南海政策作為、東協的南海立場、越南的南海戰略佈局與操作、菲律賓的南海政策立場、美國南海政策動向、日本、澳洲及印度南海政策動向、南海合作展望等，並附有該年度的南海大事記等內容。報告最後章節也會提出兩岸南海合作的建議。
《2010年南海地區形勢評估報告》建議海峽兩岸加強在南海問題方面的合作，建立兩岸合作的政治互信和兩岸南海事務性合作，推動建立兩岸軍事協調機制和兩岸南海油氣資源的合作開發。《2011年南海地區形勢評估報告》提出了共11項兩岸南海合作的政策建議，內容涵蓋南海問題法理研究、南海科考、水下考古、生物資源養護與生態保護、漁民救助、油氣資源勘探與開發、南海執法合作等諸多領域。《報告》還設計了兩岸南海合作路線圖，認為兩岸在南海合作的思路上，應遵循先易後難、循序漸進的步驟，先從學術性、經濟性、功能性領域開始，逐步延伸到其他領域。當前首先應爭取將兩岸南海合作事務納入海協、海基兩會協商機制中。
2014年1月，《2012年南海地區形勢評估報告》指出兩岸具體的合作領域包括：一是加強南海學術領域的合作；二是推進南海漁業資源開發領域的合作；三是增進南海生態環保領域的合作力度；四是深化南海科考、資源調查勘探等領域的合作；五是加強南海油氣資源勘探開發領域的合作；六是拓展海洋文化領域的合作與交流。迄今為止的三本報告具有自身的連貫性，總結南海情勢後所提的合作建議也具有相當的持續性。
台灣對兩岸海洋事務合作的立場
依據馬英九競選時期的海洋政策，以及因應兩岸關係的持續改善，馬英九政府對兩岸適足以建立海洋事務合作的機制包括如次。
（一）由小三通所衍生之兩岸海洋事務之處理
自2008年6月19日起，台灣陸委會放寬“小三通”，凡持有兩岸入出境有效證件的台澎金馬人民、外籍人士、台灣人民的陸籍配偶和子女，以及在台工作外籍人士的大陸配偶，都可以經由“小三通”往來兩岸。為落實馬英九的823和平宣言，以及因應兩岸海運直航即將實施，同年9月推動“小三通”正常化，進一步放寬“小三通”人員、航運、貿易等往來限制，包括：適度開放大陸人民運用“小三通”進出台灣；簡化人員入出手續；貿易及航運便捷化措施等，進一步開放大陸旅客可以經由金馬小三通中轉台灣，也將藉由開放小額小量農漁產品免稅進口，簡化通關程序，以引導地下貿易全面合法化。
澎湖亦於10月15日加入“小三通”常態化，除了開放澎湖旅遊的常態化，也擴大澎湖專案貨運直航，開放大陸籍船舶以專案方式自大陸載運砂石、塊石直航大陸，以及開放大陸水泥（僅限袋裝）及鋼筋等建材以專案直航方式自大陸運至澎湖。小三通正常化政策確立後，結合離島博弈特區之政策，陸續提出包括郵輪旅遊等海洋觀光構想，而該等政策勢將涉及海港建設、航運、海關與漁業貿易的品質檢疫等問題，有待兩岸進一步的協議處理。
（二）兩岸漁業合作相關事務
雖然兩岸通過了《兩岸漁船船員勞務合作協議》，但是具體細節尚需要雙邊持續商談，因此台灣方面授權“兩岸漁業合作基金會”持續進行對口，此為具有官方性質的民間管道。除了漁船船員勞務合作之外，兩岸漁業合作尚包括海上作業安全、漁業資源保育、漁業交流等事務，同時根據馬英九競選政見提出的“永續漁業”主張，應當“依據國際規約，促進水產品貿易制度化”，亦即“依據世界貿易組織（World Trade Organization, WTO）和聯合國糧農組織（Food and Agriculture Organization, FAO）等國際組織所訂規約架構下，促進水產品貿易制度化；檢討現有措施，加強兩岸漁區、漁工、檢疫、保育等問題的海事協商，以保護兩岸共享的漁業資源。
同時，研究開放大陸水產品限量、限地、限時進口之可行性，透過兩岸協商與海上強力執法，消除大宗水產品走私交易，確保檢疫與國境安全”；另外，也積極“保障生計漁業，嚴格取締大陸越界捕撈”，“降低沿、近海小船總噸數，由政府編列專款收買老舊漁船，減少對大陸漁工的人力資源依賴；投資海洋高級養殖技術，減少遠洋捕撈總額；規劃漁區、規範漁法和禁漁期，對於越界之非法的毒、電、炸、拖等行為，強力取締”。一方面，處理傳統的兩岸漁業與貿易的積弊，另一方面，也提到兩岸共同針對漁業的具體問題進行協商，該等政策主張皆需要兩岸共同持續合作。
（三）兩岸直航後的港口轉型與海事合作
兩岸達成“海峽兩岸海運協議”，此項協議可謂具劃時代的意義。根據協議，兩岸應“建立海難搜救聯繫合作機制，共同保障海上航行和人身、財產、環境安全。發生海難事故，雙方除及時通報外，並按照就近、就便原則及時實施救助。”兩岸間由於海難或災害事件頻傳，亟需建立“海上救難與污染防制機制”，過去囿於主權爭議，在海上救難與執法等事項上，一直以非正式的默契進行，此協議對於建立兩岸海事的合作係重要的實質進展。
對應於馬英九政府的“航運發展”政策，提出“設立航政局，提升航政績效”，以及“推動兩岸直航，促進雙方共同利益。前者主張：「回歸憲法，設立‘航政局’，制訂明確的國輪航運政策，推動港務機關法人化與國際化；釐清港市分工，明確定位各港口功能，避免重複浪費；尊重專業，港埠管理與全球接軌。同時建立實質鼓勵機制，讓高雄港和其他港埠止跌回升，恢復航商和從業人員的信心”；後者內容為：“在確保國家安全與台灣產業發展的前提下，規劃適宜港埠，開放兩岸直航，爭取亞太轉口貨運與航商進駐，促進兩岸互利共榮”，顯示放眼海洋航運須先推動兩岸正常化航運的政策思考。
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