督查組的工作安排得非常緊凑。到了被督查省市後，首先聽取當地政府主要領導匯報自查報告。督查人員就某一方面的自查報告進行評估和分析，並與來自地市、縣、鄉鎮、企業和重要工程項目的負責人召開座談會，聽取他們對國務院政策措施的看法。
座談會可不是泛泛而談，都是“撈幹貨”，甚至還有交鋒。第六督查組成員在遼寧鞍山督查營改增政策措施落地情況問到“不要只講好的，營改增推進過程中難道沒有阻力嗎？”當地稅務部門於是反映，營改增後交通運輸業稅負普遍加重，他們希望國家增加退稅政策。督查組成員對問題和建議一一作了記錄。
在與第六督查組座談時，保定市市長談到簡政放權時不留情面地說：“為什麼現在部委的一些司長老犯錯誤？我看還是權力太大！”
前往地方的督查組還根據不同的督查內容分為幾個小組進行實地督查，也是“動真格”。銀監會參與第七督查組的幹部前往湖北省紅安縣，到一個村裡走訪一個生豬養殖企業。當得知這家企業貸款困難，必須借助擔保公司的幫助，從而推高了貸款成本後，銀監會的幹部立即質問當地幹部和基層金融機構：“這家企業算是龍頭企業了，發展不錯，為啥不直接貸給他們呢？”
督查組每晚都要閉門討論，整理當天收集的素材，交流對當地工作的看法。會後督查組成員和工作人員還經常加班到深夜寫材料。
督查的結果將形成反饋意見提供給被督查的地方和部門，並匯總上報國務院。本次督查還請中國社科院、國家行政學院、國務院發展研究中心等單位開展第三方評估。
督查真的有用嗎？
一些督查組成員認為，督查工作本身就是對各部門各地方執行中央政令的一種鞭策和推動，而在督查中發現的問題和線索，將有利於推動問題的解決。
在督查過程中，各督查組肯定了各地方、各部門和單位落實國務院相關政策措施取得的成就，同時也的確發現了一些問題。例如，一些地方“三農”和小微企業貸款難、貸款貴的問題仍然突出，取消和下放行政審批事項、推進簡政放權政策措施的落實力度仍有待加強，一些中介機構儼然扮演了“二政府”的角色。部分配套政策出台不夠及時或還不夠完善，一些項目配套資金仍不到位，以及“最後一公里”問題仍然存在等。
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