當甲午戰爭一觸即發之際，李鴻章以為租借英國的商船運兵是萬全之計，結果運兵船隊在豐島遭襲，日軍打響了甲午戰爭的第一槍。日本侵華的真面目徹底暴露後，李鴻章所想的仍是用外交手段解決衝突。他命令駐守牙山的葉志超不要先敵打擊，要遵守萬國公約，避免在各國輿論聲中喪失主動。當戰火從朝鮮半島蔓延到中國東部沿海時，李鴻章囿於對北海艦隊的保護，守之於海岸，喪失了支援旅順、尋機殲敵的良機。當甲午戰爭尚未結束，北洋海軍被日軍即將圍殲於威海之時，李鴻章卻替朝廷打起了和談的主意。
整個甲午戰爭，李鴻章首先想到的是打一場政治仗，以為憑借其籌劃，就可一步步化解危機，其結果政治仗不但打不贏，還貽誤了戰機，造成清軍戰爭準備不充分，盲目上陣，處處被日軍牽著鼻子走，最後陷入全軍覆沒的境地。
戰爭中李鴻章的“保船制敵”看上去很符合清軍的實際，但實際上他在用打農民戰爭的經驗指揮現代化的海戰
甲午戰爭中，李鴻章在對北洋海軍的使用上，堅持“保船制敵”的原則。其原因一是北洋海軍來之不易，在具體使用上慎之又慎；二是用打農民戰爭的經驗指揮現代化海戰。
在西方的軍事學說中，制海權思想在近代占據了重要的地位，但在中國，制海權卻是一個空白。李鴻章運用打農民戰爭的經驗指揮現代化海戰，這不能不說從指導思想上就犯了兵家大忌。
李鴻章的戰爭實踐主要來自於鎮壓農民起義的戰爭。他指揮淮軍有三個特點：一是本位主義觀念突出。李鴻章依重淮軍起家，自然在軍事上處處想到淮軍的利益。在與太平天國農民起義軍作戰中，當時江寧久攻不下，朝廷促李鴻章率兵會攻，李鴻章以金陵城破就在旦夕，托辭延師不出。後來，曾國藩攻克江寧，捷報傳來，李鴻章才令劉銘傳、盛波等從不同方向圍殲殘存農民軍。這種不顧大局，以我為主的本位思想，在甲午戰爭中又再次上演。當日軍準備在金州、大連登陸，守軍向李鴻章請求旅順分兵北援，並要求北洋艦隊赴援大連時，李鴻章不但未及時調整兵力，反責其將領糊塗膽小。受他的影響，其部下本位思想也相當嚴重。當丁汝昌率北洋艦隊從威海到達旅順時，並未對登陸日軍進行襲擾。大連灣失陷後，丁汝昌認為旅順“萬難久支”，借口水道狹小，率艦隊返回威海。此後又由從大沽開赴旅順，稍做游弋又回威海，從此再無出港機會，直到全軍覆沒。
二是依托根據地。李鴻章非常看重對根據地的依賴。清軍在與拈軍做戰中，科爾沁親王僧格林沁在山東曹州被擊身亡，震動朝野。朝廷命曾國籓以欽差大臣身份督僧格林沁舊部，李鴻章被任命為兩江總督，要求率其部隊馳防豫西，兼備圍剿京東馬賊、甘肅回匪。但李鴻章卻說：“兵勢不能遠分，且籌餉造械，臣離江南，皆無可委讬。為今日計，必先圖拈而後圖回。赴豫之師，必須多練馬隊，廣置車騾，非可猝辦。”[ 《清史稿》卷四百十一，列傳一百九十八。]他的建議雖也有合理之處，但不願離開根據地的慣性思維卻延續到對北洋海軍的指揮上。北洋海軍除了護送兵船出海與日軍在大東溝遭遇外，幾次駛出威海，又幾次無功而返，始終不敢遠離威海，從而把海軍當作海岸兵力去用，更談不上讓其爭奪制海權。陸兵兵勢不能遠分，這對於打農民起義軍而言，能發揮保障便利等優勢，但對海軍的使用同樣兵勢不可遠分，就完全背離了海軍使用的基本原則。
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