按常規計算，目前平均每公里地鐵建設成本約為3億－5億元。
對出入之處，北京方面給出的說法是，“北京地鐵的建設成本大致包括徵地拆遷、人工、材料、機械設備等，徵地拆遷占到總投入近50%；人工＋材料＋機械設備占到總投入約20%；為了提高工程規模和服務水平而帶來的地鐵建設成本約占總投入12%。結合近兩年的建設工程人工、材料、機械設備等的變化情況，材料和設備的成本相對較平穩，而人工成本增幅較大。”
相比土地收益，地鐵建設運營費用“根本不是事兒”
運營收支缺口日漸擴大，政府補貼也日漸增多。
查閱北京市財政局公布的歷年預算執行情況報告可發現，自2009年起，北京市政府對地面公交和軌道交通的總補貼逐年提升，其投入從2009年的129.3億元攀升到了2013年的200.1億元。財新網稱，目前，北京地鐵每年運營費80多億元，其中票款收入僅30多億元，政府補貼40多億元。
劉巍巍說，不談折舊、銀行利息、建設成本，只談運營成本，全世界的城市能使地鐵運營成本與票價收入達到平衡的非常少。“香港算是勉強平衡，但大部分能做到地鐵營收平衡的城市的不是靠票價，而是靠後面帶動的城市開發和房地產。比如港鐵和東京地鐵都握有自己的物業，物業收益完全可以彌補虧損。”
如何破解地鐵發展難題？
劉巍巍認為，目前全球範圍內比較好的模式是一體化開發，在香港、東京、新加坡等都有運作。地鐵公司不光是要有運營能力，還要有一定的造血能力和自我彌補能力。
劉巍巍正在研究的一種開發模式叫做“溢價回收”（Value capture）模式。他提出，地鐵有一個很大的特點，就是能創造出巨大的外部收益，但這種巨大的收益不是自然而然就能被地鐵本身所能回收：比如它使得地面交通變得不擁堵，周邊的住宅、商業、辦公的土地、房地產和物業的價格上漲，以及其它各種好處；但這些收益地鐵公司自己無法掌握，而是無償提供給全民或私人（如土地所有者），使他們在經濟上“不當得利”或“不勞而獲”。
事實上，北京地鐵承建方方面面對外界排山倒海的質疑，也曾提出，北京市每年財政收入約4000億元，其中2000多億元靠“賣地”得來，而地價很大程度上又和修地鐵相關，相比2000多億元土地出讓收入，地鐵的建設和運營費用只占很小一部分，“根本不是事兒”。
“我們現在就在思考，是不是可以採用一種模式，讓地鐵把如此巨大的外部收益能夠回收一部分，來給自己補血，彌補虧損，也可以使地鐵建設得更快。”劉巍巍說。
劉巍巍告訴澎湃新聞，這個模式可以總結為地鐵引導城市開發。具體而言，在一些郊區和尚未開發的地方，通過新建地鐵或輕軌能夠帶動這個地方的發展，也可以讓地鐵公司擁有部分的土地。如果地鐵公司的實力夠強，就可以利用地鐵做各種不同的文章：在站點最核心的地方做綜合體，做地鐵上蓋物業，這個收益最高；在周邊可以建商場、辦公；再往外一點，可以建住宅，“按照距離遠近發展不同的業態。”
“比如港鐵自己就是最大的開發商，大陸的企業還沒法做到這一點，但可以與一些比較大型的開發商比如日月光、中信泰富等聯合來做。地鐵公司可以擁有部分的物業，賣掉就有巨額的資金回收；或者保有部分物業，可以長期收取租金用作運營資本”。劉巍巍說。
劉巍巍還建議，在建設階段，地方政府可以設立軌道交通建設基金。“現在在很多城市，如上海、武漢、東莞都有類似的操作。地鐵建設階段需要融資成百上千億，盤子很大；30%的資本金靠政府財政投入，其餘的錢從哪裡來？靠基金為軌道交通建設設立一個可靠合法的來源。這個基金可以有各種來源，包括稅收、土地等各種途徑”。
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