機構改革
中共十八屆三中全會稱，“推動黨的紀律檢查工作雙重領導體制具體化、程序化、制度化，強化上級紀委對下級紀委的領導”。這被看作是強化制度反腐的重要改革，也被認為是中央紀委“擴權”的一個重要依據。王岐山通過一系列機構變化，實現了這項改革的“具體化、程序化、制度化”。
中央紀委先後兩次調整內設機構和人員配置，在機關編制、機構、人員總數保持不變的情況下，通過盤活存量、內部挖潛、轉變職能等方式，將人力向負責辦案的業務部門擴展。中央紀委的紀檢監察室變為12個，直接從事紀檢監察業務的人員增加了100多個。
通過改革，地方紀委還要從地方黨委中“斷奶”。按三中全會決定，紀委的辦案權上提一級，“以上級紀委領導為主”，地方紀委領導的“提名和考察以上級紀委會同組織部門為主”。
如何“斷奶”，以及如何破解“同級監督”難題，關鍵在於“人財物”。
中央紀委將原來的幹部室和宣教室拓展為“組織部”和“宣傳部”，加強紀檢監察幹部隊伍建設和黨風廉政建設和反腐敗宣傳工作。成立組織部，更被看作是為了解決地方紀委領導的提名權、考察權等人權、事權的問題，逐步加強對地方紀委的垂直領導。
侯凱由中央巡視組調至上海任紀委書記，被看作是此項改革的一個顯著體現。
中央紀委副書記吳玉良做客中央紀委網站《在線訪談》欄目時指出，組建中央紀委組織部和宣傳部，緣由之一便是為了“保證各級紀委監督權的相對獨立性和權威性”。
三中全會也對中央紀委的派駐機制提出要求，“全面落實中央紀委向中央一級黨和國家機關派駐紀檢機構，實行統一名稱、統一管理。派駐機構對派出機關負責，履行監督職責。”
在三中全會結束的20天後，王岐山主持召開部分中央和國家機關紀檢組組長座談會，在會上說：“派駐工作只能加強，不能削弱……派駐機構要眼睛亮一點、耳朵長一點、鼻子靈一點，善於監督、敢於執紀，嚴格責任追究，切實承擔起監督責任。”隨後，多個中央紀委派駐部委紀檢機構著手組建“辦案人才庫”，大力擴招。
王岐山也十分重視信息披露，在其任上，中央紀委旗下五網合併為一。2013年9月2日，中央紀委監察部網站正式開通。王岐山在當天赴網站調研時說，“要強化服務意識，及時發布權威信息，重要輿情要早發現、早報告、早處置。紀檢監察幹部要學網懂網用網，注重發揮專家學者作用，向群眾解疑釋惑，回應社會關切。”
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