路徑依賴的路徑選擇有其關鍵時刻（Critical Junctures），當決策者在該時空環境下，做出諸多選項中的某一選擇後，制度便進入了路徑依賴，如果要轉換路徑，成本將愈來愈大。
但從另一角度觀之，路徑依賴非一成不變，制度動力論（Institutional Dynamism）認為下列情況將使制度變遷：
（1）社會經濟或政治系絡產生廣泛變化，使得原先的潛在制度，忽然對政治結果產生突出的影響。
（2）社會經濟系絡或權力政治平衡的變化，使得舊的制度服務於不同的目標；就像新的行為者經由既存制度，追求新的目標。
（3）外來變化使得既存制度，轉移了追求的目標或策略；也就是舊的行為者在舊的制度下，採用新的目標。
（4）政治鬥爭下的劇烈變化，或是在制度約束下，策略性機動的逐漸變化。
兩岸關係的新制度分析
2008年台灣大選的二次政黨輪替，國民黨總統馬英九上台，兩岸關係正式進入和平發展期。事實上，早在2005年的南京，時任國民黨主席連戰與共產黨中央總書記胡錦濤，在國共領導人相隔60年之後舉行會談，一起發佈《兩岸和平發展共同願景》，兩岸和平發展的新制度已然到來。基本上，這種新制度是因應2000年台灣大選的政黨輪替，民進黨總統陳水扁上台後，兩岸官方關係停滯而產生。
相對的，當時執政的民進黨政府採用所謂的“澳門模式”的新制度；亦即因為官方委託的台灣“財團法人海峽交流基金會”（以下簡稱海基會）與大陸“海峽兩岸關係協會”（以下簡稱海協會）的制度性協商管道中斷，所以改由兩岸的民間團體，其中包含了主管相關業務的官員，在澳門進行協商，達成“雙向、對飛、不落地”的2005年春節兩岸包機。
台灣方面而言，澳門模式是依據《台灣地區與大陸地區人民關係條例》第四條，得依所處理事務之性質及需要，逐案委託具有公信力、專業能力及經驗之其他具公益性質之法人，協助處理台灣地區與大陸地區人民往來有關之事務；必要時，並得委託其代為簽署協議。
此模式下，“台北市航空運輸商業同業公會”與“中國民航協會海峽兩岸航空運輸交流委員會”協商春節包機，2006年又各自成立“台灣海峽兩岸觀光旅遊協會”（以下簡稱台旅會）與大陸“海峽兩岸旅遊交流協會”（以下簡稱海旅會），協商大陸人民的來台觀光。
對於澳門模式的意涵，台灣官員認為是“擱置爭議、不設前提；相互尊重、實事求是；政府主導、民間協商”，學者指出是“政府授權、民間名義、官員主談、公權力落實”，大陸官員則說是“民間溝通、達成共識、各自安排”。
事實上，該模式是兩岸的民間業者在政府授權之下，直接對談；相關業務的主管部門官員，以相應的民間身份參與；雙方選擇適合地點，展開協商。達成共識後，不必簽署任何協議，只形成共識備忘錄；經彼此確認，各自帶回兩岸的有關單位批准，據以執行。⑧
但是這種繞過“九二共識”的兩岸政治定位，無法由海基會與海協會進行協商與簽署協議，改以民間團體進行協商，取得共識後，再帶回交由政府執行的制度，終究還是不穩定，因此成果有限。
從新制度主義觀點而言，因應1990年代以來，兩岸日趨積極交流的協商的需求只會愈來愈大，因為兩岸交流的交易成本存在；⑨為提升資源的配置效率，財產權的適當安排就必須經過兩岸協商。
以澳門模式而言，政府透過民間團體協商，相對較為隱諱方式，進行兩岸交流的問題解決，委託人與代理人資訊不對稱的交易成本，比海基會與海協會簽署協議的兩岸兩會模式更高；所以，2005年國共會談開啟兩岸和平發展的新制度，2008年國民黨再度執政，正式進入和平發展期，兩岸兩會的制度性協商與簽署協議，立即全面開展。
2008年6月在北京，新任海基會董事長江丙坤與海協會會長陳雲林，簽署《海峽兩岸包機會談紀要》、《海峽兩岸關於大陸居民赴台灣旅遊協議》等二項協議；接著11月在台北，第二次江陳會簽署《海峽兩岸空運協議》、《海峽兩岸海運協議》、《海峽兩岸郵政協議》、《海峽兩岸食品安全協議》等四項協議。
總計兩岸從2008年6月至2015年8月，海基會與海協會高層的十一次會談，一共簽署23項協議。基本上，在兩岸政治定位處於“九二共識”，兩岸兩會簽署協議的和平發展制度，交易成本相對較低。
由於和平發展制度運作標準化而成本逐漸下降的“規模利益”、簽署協議模式改善與普及而降低成本的“學習效果”、簽署協議模式有利兩岸合作的“協調效果”、簽署協議模式普及化提升信心的“調整預期”，有效率的路徑依賴出現。
換言之，當民進黨政府的澳門模式，無法大力推進兩岸協商成效時，2008年二次政黨輪替，路徑選擇的關鍵時刻到來，國民黨政府與中國大陸簽署協議的和平發展制度，進入路徑依賴。
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