1898年的戊戌變法，康有為等維新人士試圖以日本的明治維新為榜樣（他們了解的只是表象），過去的敵人，現在成了朋友，成了老師。到了百日維新的關鍵時刻，甲午戰爭期間擔任日本首相的伊藤博文，因國內政潮而下野，到北京進行私人訪問，受到極其熱烈的歡迎。清朝總理衙門正式接待他，光緒帝召見他，康有為也與他有過私人的交往。清朝眾多官員（包括康有為一派的官員）上奏，請光緒帝留下他，作為指導維新運動的顧問。昔日的敵酋，今日的上賓，還有可能成為導師，這戲劇性的一幕也引出一些官員的緊張。他們上書慈禧太后，要求干預此事，成為後來戊戌政變過程中的一個重要環節。
戊戌變法失敗後，日本政府幫助梁啟超等人逃亡日本，資助康有為從香港赴日本；又根據清政府中張之洞等人的要求，禮送康有為出日本，避免與清朝決裂。中國與日本依舊保持較好的國家關係。
日俄戰爭的後果
1900年，中國發生義和團運動，清朝政府犯下決定性錯誤，英、法、德、美、俄、日本、奧匈帝國、意大利八國組成聯軍侵華，占領了北京。由於地理條件和英國陷於布爾戰爭等因，日軍的數量在八國中是比較大的，是進攻北京的一路主力。與此同時，俄國以保護中東路及其支線為名，出動13萬軍隊，占領了東北要地。《辛丑條約》簽訂後，各國軍隊陸續撤出北京等地，而俄國軍隊卻賴在東北不走。英、美、日本皆對此表示不滿，而日本感到對自己的威脅最大——俄國在海參崴和中國東北的雙重存在，不僅使日本將無法控制朝鮮半島，且無法進入大陸。
由此，日本加速了英日同盟的進程，以爭取國際援助，避免“三國干涉還遼”時的孤立；並頻頻與中國政府及地方大員商量抗俄對策，使之在對俄政策上態度強硬，拒絕簽訂承認俄國占領東北現狀的條約。日本的這一做法，在中國引起許多好感。當時中國學生大量赴日本留學，在此鼓動下，組織了拒俄義勇隊，並進行了廣泛的宣傳。隨著西伯利亞大鐵路的即將完工，日本感到軍事壓力增大，於1904年2月中止談判，發動了對俄國戰爭。
1904－1905年的日俄戰爭，其主戰場在中國東北，最為血腥的戰事發生在旅順與沈陽。清朝雖有與俄國軍事同盟的密約，但在俄國占領東北的情況下，同盟已不存在。清朝採取了中立的立場，宣布局外中立。至此，日本的外交目標完全達到了。1905年，戰敗的俄國與日本簽訂《樸茨茅斯和約》：俄國讓出南庫頁島，承認朝鮮是日本的勢力範圍，並將其獲得的長春以南到旅順的中東路支線和旅順、大連兩港轉讓給日本。日本成了東北亞的主人。
從1895年的《馬關條約》，到1905年的《樸茨茅斯和約》，這十年中發生了什麼？
從日本的角度來看，遼東半島因三國干涉而失去，此次再次奪回，並得到了朝鮮與南庫頁島。
從中國外交的角度來看，希望依靠俄、德、法三國來對抗日本，結果失去了青島、旅順、大連、湛江，而膠濟路、中東路及其支線的開辟，更是使山東、東三省完全處於危險之中；想依靠英國、日本來對抗俄國，仍是一無所獲，對英國是失去了威海與新界，日本戰勝俄國後，東三省的南部是日本的勢力範圍，北部是俄國的勢力範圍。中國的災難是大大增加了。
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