(三)權力清單梳理口徑及權限劃分不一致
在建立權力清單的過程中，雖然各地對於職權的劃分類別和建立清單的基本流程做法比較一致，但在具體的梳理口徑方面還是有差異的，主要是因為在梳理的過程中，梳理口徑都是由牽頭部門所設定的，帶有很強的主觀性，工作人員在梳理的過程中也難免帶有一定的隨意性，而這樣的主觀性和隨意性會貫穿清單建立的始終。例如，關於哪些職權應列入清單的問題，共性的做法都是根據職權的依據，依據為部門規章及以上的職權才可列入清單，規範性文件為依據或無依據的職權事項不能列入清單。這樣的做法聽起來沒有問題，也符合依法行政的要求，但實際梳理中就會發現，有些部門的有些職權雖沒有相應的依據，但長期以來其影響和作用卻很大，並不能輕易地排除;再如，規定必須是具體行政行為才能列入清單，屬於政府日常管理事項的，不能列入清單，但有些職權事項並不能被輕易地加以辨別和區分;還有就是職權的歸類問題，有些職權可以明確地將其納入所屬類別，也有少數職權的歸類並不一致，還有一些不能明確歸類的職權。對於不能明確歸類的職權，各地普遍的做法是將其放入“其他”類，“其他”類則成為了一個兜底類別，具有所有不確定性因素的職權都被放入了這一類別，也成為了包含職權數最多的一個類別。此外，在梳理過程中，各地關於省與市、縣(市、區)的權限劃分及劃分標準也不一樣，有些省份將行使層級做了省屬行政權力和屬地管理行政權力的劃分，將屬地管理權力事項交由市、縣(市、區)政府行使，有些省份沒有做這樣的劃分，有些市級城市則劃分為市級單獨行使、市與區縣共同行使及區縣單獨行使三種類型，其中，有根據工作慣例劃分的，有根據法律法規劃分的，也有根據事項的重大程度劃分的，且對於占很大部分的市與區縣共同所屬的權力應如何行使，也並無明確的標準。
(四)責任清單責任主體及職責邊界不清晰
雖然各地對責任清單的認識不一，做法各異，但從已公布出的各省級政府責任清單來看，都存在一定的問題。首先，責任主體不明確。一些省市雖然列出了每項職權所對應的責任事項和追責情形，但責任主體並不明確，也沒有明確的主體責任、協同責任、屬地責任等的劃分，很多責任事項都是一些相同環節的共性責任事項，缺乏針對性和實用性;其次，職責邊界不清晰。清單裡各部門交叉重合的職責仍然存在不少，且針對這些部分，並沒有相應的責任劃分，沒有履責邊界，也沒有協同配合機制，這在實際操作中難免造成各部門之間推諉扯皮;最後，覆蓋範圍不夠廣。根據職權逐條設定的責任清單，雖看起來比較完備，但並沒有針對性地覆蓋民生問題，而具有創新性的專項責任清單，也僅僅是涉及幾個熱點領域，從點到面工作量繁重。如果這些方面不加以完善，便很難確保相應部門擔當相應的責任，也很難對相關責任主體進行追責，責任清單很容易就流於形式，難以發揮其應有的作用。
(五)動態調整與約束機制不完善
權力清單制度體系初步建立之後，能發揮多大的約束效能、如何對其進行動態調整及管理也是所面臨的問題。一方面，雖然目前各地政府都在紛紛進行權力清單制度的建設，但該制度逐漸完備以後，能不能起到很好的約束作用則不得而知。各地權責清單最終公布的形式可能只是個效力等級較低的規範性文件，沒有強制執行力，缺乏硬性約束機制，加上目前公眾的參與度又不高，很容易成為形式和過場。[6]另一方面，權力清單制度需在具體實踐中不斷完善，以逐步與發展和改革的要求相適應，且在具體執行過程中，所依據的法律法規也會有所調整，相關部門職能也會發生變化，因此，權力清單制度勢必要進行動態調整，但目前尚缺乏對權力的增減變更及調整的條件程序等相關規定。
四、權力清單制度體系的發展與完善
(一)加強頂層設計，完善法律保障
權力清單制度體系的良好建立與順利推行，還需進一步加強頂層設計。要進一步統一梳理標準，可將各省市在梳理過程中一些不確定的職權，如不確定應不應該列入清單的職權或不確定應該放入哪個類別的職權，進行匯總整理，經充分論證後，給出一個相對規範的參考意見，同時規範“其他類”的劃分及處理，盡量減少梳理過程中的隨意性。要規範權力行使層級的劃分標準，首先根據法律法規規定、涉及事項的重要程度、是否涉及聯合執法來進行劃分，然後再結合部門工作實踐及工作慣例，對於各部門共同行使的權力要進行統一的流程設計及優化，對於市與區縣共同行使的權力也要盡量釐清邊界、實施流程再造。要對整個制度體系進行標準化建設，建設統一的平台，進行統一編碼，從區域聯網逐步實現全國聯網。要完善法律保障，實現“法無授權不可為、法定職責必須為”的一個重要前提是要有健全完善的法律法規體系作為行使權力和履行責任的依據，要及時修改或廢止不適應經濟社會發展現狀的法律法規，逐步消除由現行不合理規定帶來的阻礙。要進一步上升權力清單制度的效力級別，將兩項清單的執行固化為部門職責，乃至將其上升到法律法規層面。
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