但蘇聯解體，加盟共和國變為了主權獨立國家，邊界問題瞬間成為衝突點。吉爾吉斯境內的烏茲別克人與吉爾吉斯人之間不斷爆發衝突，不僅造成了大量人員傷亡，還製造了難民問題，烏吉兩國分別力挺自己的民族，兩國關係長期不和。2005年吉國顔色革命、安集延騷亂、2010年吉南部種族衝突，以及2016年年初兩國邊境陳兵事件，都與烏、吉兩個民族的衝突息息相關，這些事件一步步惡化著兩國關係。其所造成的邊境封鎖、合作停滯，為中亞地區的互信發展蒙上陰影，兩國“元首”甚至因為彼此不和而影響參與上合組織活動的意願。
如今烏吉兩國關係自冰點突然提升，柳暗花明，確實與烏總統米爾濟約耶夫的努力密不可分。米氏於去年就任總統以來，就將改善與地區鄰國關係作為重點。在這短短一年之中，他已經對哈薩克斯坦和土庫曼斯坦進行了友好訪問，提升了烏國與這些鄰居的關係，如今他又親臨吉爾吉斯這個恩怨交織的鄰邦，伸橄欖枝的意願明顯。
烏茲別克斯坦在米氏之前實行的是平衡外交，名義上不與任何國家走近，而實際上執行親西方的政策，與俄羅斯及其盟友的關係都不太好。加之受到領土糾紛、資源分配以及歷史等因素影響，烏茲別克斯坦與其他四個中亞斯坦國的關係都有衝突。而今，米爾濟約耶夫大搞睦鄰外交，為中亞的國際互信帶來了一陣春風。
雙方邊境的重新開放，使吉爾吉斯第二大城市奧什同烏茲別克斯坦重鎮安集延之間的國際貿易恢復發展，關乎兩國合作前景。邊境的開放更關係到眾多家庭的命運，聚居在吉南部的烏茲別克人終於可以與國境另一側的家人團聚。
當然，烏茲別克在吉爾吉斯境內的同胞是吉國頭疼的問題。不過，吉爾吉斯控制著烏國重要河流的上游地帶，也令烏國緊張。本次米爾濟約耶夫訪吉，明確表示支持吉國修建水電站的計劃，並表達了合作建設的意向，這一改此前烏國反對吉修建水電站，擔心會影響下游烏棉花種植業的態度。
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