海基會成立之初，時任陸委會特任副主委馬英九，在海基會人員講習會中說明政府的五大不變原則：
“一、一個中國不變、二、“中華民國”主權涵蓋全中國不變；三、民主統一中國不變；四、終止戡亂後敵對狀態不變、五、與中共政權不做政治性官方接觸不變。”
對兩岸關係未來的發展，在政府頂層的設計是，一九九O年十月七日，在“總統府”內成立國家統一委員會，主要任務是研究並咨詢國家統一大正方針，並在一九九一年二月二十三日，通過“國家統一綱領”，一九九O年“立法院”通過“兩岸人民關係條例”，有了法律來規範兩岸人民的交往。
在政府有了權責單位，又有法律的規範，海基會才能在政府授權下，有所依據，與大陸海協會有所協商。
當海基會在一九九O年三月九日正式掛牌運作後，大陸對此一機構，一直有疑慮。但當大陸理解兩岸關係的特殊性後，也改變了態度，在一九九一年十二月六日，在北京也成立了一個被政府授權的海協會，來處理兩岸事務性的問題。海基會，海協會不同的是，大陸一套人馬，兩塊招牌，海協會的人員基本上是由國台辦官員兼職。
海基會第一次訪問大陸是一九九一年四月二十八日，陳長文秘書長率十四位海基會人員抵達北京。4月29日中共國台辦常務副主任唐樹備在北京釣魚台賓館與海基會代表團進行會談。
首先唐樹備副主任提出，兩岸交流五原則。其中第二條：“在處理海峽兩岸交往事務中，應堅持一個中國原則。”但海基會是被授權處理兩岸事務性機構，不應，也不會涉及政治性質問題。
一九九一年十一月三日，陳長文秘書長率團與海協會協商“兩岸共同打擊海上犯罪”的程序性問題，唐樹備副主任提出，兩岸共同打擊海上犯罪應在“一個中國”原則下進行，陳長文認為“一個中國”與此次此程序性會談無關，不必列入。如果卻有必要，亦應依照“國統綱領”揭示的“對等互惠，相互尊重”的精神來進行。
其實“國統綱領”已闡明“兩岸應摒除敵對狀態，並在一個中國原則下，以和平方式解決一切爭端，在國際間相互尊重，互不排斥，以利進入互信合作階段”。
大陸的一個中國原則，在其“外交部”對外宣示時有其一定的定義，“台灣是中國的一部分，中國的領土不可分割，中華人民共和國是代表中國的唯一合法政府。”此一定義，台灣朝野是無法接受的。
為解決大陸方面所提出的“一個中國原則”問題，國統會在一九九二年八月一日通過“一個中國涵意”文，說明“海峽兩岸均堅持“一個中國之原則’，但雙方所賦予之含意有所不同”“台方則認為‘一個中國’應指一九一二年成立迄今的“中華民國”，其主權及於全中國，但目前之治權，僅及於台澎金馬，台灣固為中國之一部分，但大陸亦為中國之一部分”。
一九九二年八月二十一日，新華社發表海協會負責人的評論，重申兩岸交往中的具體問題，是中國的內部事，應本著“一個中國原則”協調解決，在事務商談中只要表明堅持“一個中國原則”的基本態度，可不討論其涵意。
國台辦副主任唐樹備在一九九二年十月十九日，發表談話，台灣方面的“八一文件”，和海協會的“八二七文件”，都明確堅持一個中國原則，兩岸已對一個中國原則己基本共識，這將有助於即將在香港舉行的文書查驗的工作性質會談。
一九九二年十月二十八日至三十日，海基會派許惠佑處長，海協會派周寧副主任（副處長級），在香港舉行會談。雙方先後提出五各方案，但未談妥。最後海基會再提出三個方案，其中一個，即海基會提出共八個方案中最後一個，內容如下：
在台灣海峽兩岸共同努力謀求國家統一的過程中，雙方雖均堅持一個中國的原則，但一個中國的含意，認知各有不同。惟鑑於兩岸民間交流日益頻繁，為保障兩岸人民權益，對文書查證應加以妥善解決”。
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