中國國家治理體系現代化，是在國家主導下，實現國家、政府、社會以及智庫的多元共治，而不是搞智庫與國家、政府、社會的對立，更不是對抗。智庫如果改變了為公共決策服務的性質，其“獨立性”就沒有意義。因此，談智庫獨立性要把握好國家、政府、社會和智庫的關係，要引導智庫朝著健康方向發展，而不應抽象地強調所謂的“獨立性”。
四、提升中國特色新型智庫治理能力的建議
習近平總書記的重要批示—要求積極探索中國特色新型智庫的組織形式和管理方式，採取有效措施引導各類智庫加強自身建設，是從宏觀上而言的，絕非僅是智庫微觀組織形式的改進問題。建設中國特色新型智庫，需要體現系統性、整體性、協同性的頂層設計，需要處理好多方面的關係，包括官辦性與民間性、政治性與獨立性、單一性與多元性等關係。
（一）把公共政策咨詢作為必要一環，納入公共決策體制之中
“所貴聖人之治，不貴其獨治，貴其能與眾共治”，公共決策是一門科學，隨著現代決策科學性、專業性、系統性的增強，需要將“謀”與“斷”分離開來，在法律上、制度上正式將智庫引入公共決策過程之中，把智庫作為公共決策體系必不可少的一環納入其中，建立起科學的、制度化的公共決策體制。
（二）要建立專門的國家智庫管理協調機構，以統籌發揮全國各類各級智庫的功能和作用
創新智庫管理方式，不僅是某一家智庫的自身管理，應更重視全國智庫管理方式的創新。國家智庫管理統籌機構功能和定位主要有以下幾個方面：一是從智庫的“全功能”上考慮和統籌智庫建設的各項工作，包括政策研究、決策咨詢、政策評估、理論引導、啟迪民智、影響社會輿論、社會服務、“二軌外交”等智庫功能。韓國在智庫發展上把其中央各部委原23家智庫全部整合起來，成立韓國“國家經濟人文和社會科學研究會”，其國家主導智庫的經驗有可資借鑒之處。二是組建智庫協調體系，建立國家智庫數據庫，全面了解智庫機構情況、智庫各類研究人員情況、各類研究人員專長和領域以及當前研究領域和課題，把各方面各類研究者、研究內容集中起來，方便調動資源、排兵布陣。三是統籌、協調、推動中國智庫的研究任務、研究方向、研究選題、研究資金。統籌機構要善於出題目，以重大題目組織全國範圍智庫機構和人員開展智庫相關工作。四是建立智庫發展基金體制機制，創新專業化智庫基金機構，研究購買智庫服務的管理辦法。五是組織開展全國各類智庫評估，培育權威的智庫評估體系，積極推動智庫機構評估工作科學化發展，認真研究智庫學術影響力、社會影響力、國際影響力、決策影響力的評估標準。智庫機構評估十分重要，要把智庫機構評估打造成為一個指揮棒。在這一方面，德國萊布尼茲學會經驗亦有可資借鑒之處。六是要全面理解智庫功能和探討發揮作用的方式，妥善處理和全面理解保密和透明性問題，打破智庫工作的神秘性。
（三）重視和強調官方智庫平台功能建設
傳統智庫的改造提升是一個十分重要的問題。一是現有各類智庫尤其是黨政智庫、高端智庫必須全面理解特色新型智庫並做好轉型工作，目前許多智庫和研究人員還不適應和不理解智庫建設的多功能特征，有許多關係還沒有理順。二是加強現有智庫組織方式、管理方式的改革，在現有的舊框架裡是不可能完成這個使命的。有些智庫內部組織結構多年都未改變，為適應智庫的新形勢、新要求，這些機構必須加強自身轉型。一方面，從人員編制上來看，官方智庫不可能把天下各領域的專家全都吸納在編制之內；另一方面，從官方智庫擔負的使命和職能來看，其承擔著無比紛繁的政策咨詢、解讀、評估任務。官方智庫面對需求和供給這一對矛盾，再多的編制也無法完成當代這些需求。因此，官方智庫在組織形式上，必須辦成“小實體、大網絡”，既要做好自身的研究，更要做好組織社會力量研究，辦成集聚各種政策研究力量的平台，吸收社會各界有關政策的研究成果，集中天下智慧為黨和政府決策服務。
為此，一是要把組織協調社會力量參與政策研究列為官方智庫的一項重要職能和職責。吸納社會智慧進行決策，官方智庫發揮組織協調功能具有現實意義和不可替代的作用。組織形式上，官方智庫可與各部門、各地區、各行業、各領域合作，主導共建合作研究，此舉屬合作共贏，以此解決各自不足，如“通天渠道”問題、人力資源不足問題。二是需要處理好開放與保密的關係，過度保密就會限於封閉，外部不知曉研究議題、研究觀點，便無從參與和評判。要努力去掉官方智庫的“神秘光環”，多一些透明性，此舉有益無害，還可在此過程中廣泛動員群眾、消弭衝突。三是搞好組織協調平台，必須建立長效機制，實現制度化、規範化，包括建立動態簡報制度，建立評優激勵獎勵榮譽制度、必要的經費贊助和購買服務制度、政策研究咨詢競爭制度等。
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