其次，在推進長三角一體化深度融合發展過程中，應把准深度融合有效路徑。
長三角一體化深度融合就是要基於緊密的命運共同體、利益共同體和責任共同體的原則，在平等互利的基礎上，破除要素流動壁壘、提高基礎設施聯動、統籌公共服務，發揮產業共生效應、空間布局聯動效應、區域治理協同效應。為此，長三角一體化融合發展路徑是以產業共生為切入點，城市功能互補為載體，要素空間耦合配置為抓手，協同治理為保障。
以產業共生築牢長三角一體化深度融合根基。產業共生空間實現方式不能局限於產業園區內，更要拓展到區域之間合作。產業共生區域一體化實現形式表現為將總部布局在發達的中心城市，而將生產加工基地布局在欠發達地區，以較低成本價格獲得中心城市的戰略資源和欠發達地區的常規資源，實現企業價值鏈與區域資源最優空間耦合，實現發達地區、欠發達地區和企業三方共贏。長三角地區發達城市重點發展總部經濟，實現總部所在“中心區域”對基地所在“外圍區域”的輻射帶動作用，從而使整個區域逐步實現均衡發展。長三角一體化深度融合需要通過產業共生建立更大空間的合作網絡，共同提高產業生存能力和獲利能力，獲得經濟效益。
以城市功能互補夯實長三角一體化深度融合載體。長三角城市群戰略目標是打造世界級城市群，但城市功能分工不合理阻礙建設進程。當前，長三角城市群正在從過去的龍頭城市“一極獨大”強勢領跑的單極化格局，逐步轉化為“多中心格局”。需清晰認識到這種“多中心格局”並非“去核心化”。上海依然需要發揮好龍頭作用，上海的核心地位越突出，對整個長三角城市群的發展越好。城市群中不同城市需認清自我、找准定位，明確不同城市分工，加強系統性的整體謀劃和頂層設計，強化功能布局互動。要著力發揮城市功能專業化和產業專業化的協同效應。城市功能專業化並不能代替產業專業化，同一功能類型的城市間，仍可以在產業層面形成分工。上海、南京同為服務功能專業化城市，其中上海在金融、航運、總部經濟方面優勢明顯，南京則在軟件研發等生產者服務業方面形成特色。城市決策者要認識到城市功能分工的客觀性，從城市自身的要素禀賦出發，強化錯位發展，形成分工合理與各具特色的城市空間格局。
以要素配置空間耦合提高長三角一體化深度融合效率。要素配置效率提升不能僅限於產業間要素配置，而應優化要素配置空間效率。目前，長三角地區城市之間經濟發展水平差異較大，勞動力與資本空間配置錯位嚴重，難以推進一體化深度融合發展。長三角一體化深度融合發展，需要優化人口、資源和產業之間空間配置，提高要素配置空間耦合效率。各地政府為追求自身利益最大化而忽視整體區域效益，阻礙了生產要素的自由流動，不利於長三角深度融合發展。因此，建議將重點集中在破除“行政化壁壘”和“地方利益保護”，解決市場配置的前端扭結，提供更加自由的市場競爭條件，形成“看不見的手”與“看得見的手”協力推動區域資源要素流動的良好局面。加強交通樞紐、交通網絡的互聯互通，為生產要素自由流動提供支持。
以協同創新增強長三角一體化深度融合動力。打造長三角世界級城市群，不能靠單個“指頭”，更要“握指成拳”。長三角正處於工業化後期向後工業化過渡階段，創新驅動是發展引擎。長三角一體化深度融合發展需要有一盤棋思維，須建立包容性的區域協同創新機制，發揮聚合效應。著力轉變以行政區為主的慣性思維，從各自為政的單一區域治理模式向區域整體治理和系統治理轉變，打破區域阻隔，形成一體化的“大公共服務”格局。整合各自的創新和產業優勢，通過創新要素互聯互通、聯合組織技術攻關，打造區域協同創新共同體，規劃建設不同類型跨省(市)的科技創新區，集聚高級創新要素和高端科技產業，形成具有全球吸引力和輻射力的創新空間。
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