由於部分土地現值賠償恐達百億元，“促轉會”表示，將以區間計算比例，例如：總額未超過2百萬元者，將全額賠償；超過5千萬元、未達1億元者，僅計百分之十；超過10億元者，僅計5%。粗估總計約30億元，依草案規畫，申請期限最長可達10年。
沒收財產返還部分，“促轉會”規劃以“原物返還”為原則，若原財產滅失、不能或不宜返還時，改以金錢賠償，已轉售給善意第三人的財產不會受到影響。
至於金錢賠償標準，土地部分，按條例施行之日當期公告土地現值，除以公告土地現值占一般正常交易價格百分比計；建物方面，依條例施行之日重建價值，無法計算重建價值者，基金會得認定新台幣五百萬元以下價值。
國賠財源從何而來？根據草案，由主管機關逐年編列預算支應，政府會編預算處理，也希望用收歸公有的不當黨產支應。“促轉會”副主委”葉虹靈強調，希望做為威權統治時期唯一執政黨的國民黨，面對不當黨產處理能負起責任。
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