戰區軍種組成司令部，主要在軍政系統內履行職責，同時根據戰區司令授權行使作戰指揮權
美軍聯合作戰指揮的重心在戰區。作為地區性聯合司令部，戰區總部對管轄範圍內的各軍種部隊行使作戰指揮權。戰區總部主要由各軍種組成司令部、聯合部隊司令部(如太平洋總部的駐韓、駐日美軍司令部)和聯合特遣部隊司令部構成。軍種部隊是組織實施聯合作戰的物質基礎。美軍認為，戰區設立的軍種組成司令部是“軍種部和戰區總部之間的溝通橋梁”，為聯合部隊指揮官提供軍種的專業支持，具體負責建設、管理部隊，必要時接收和編組部隊，並在戰區司令授權下指揮部隊的行動。可以看出，戰區軍種組成司令部主要是在軍政系統內發揮作用，同時也是戰區組織實施聯合作戰的重要指揮力量，根據授權履行必要的指揮職能。如，美軍太平洋戰區第519聯合特遣部隊司令就是由太平洋艦隊司令兼任的，副司令則分別由太平洋空軍司令、太平洋陸軍1名副司令兼任。與此同時，美軍也明確規定戰區司令有免除部屬職務、鑒定任職表現、召集軍事法庭制裁等人事權，從而能有效約束戰區軍種組成司令部的指揮行為。
眾所周知，美軍從1947年正式成立參聯會、開始組建戰區、推行聯合作戰指揮體制以來，改革的關鍵主要是聚焦在軍種與戰區作戰指揮權的歸屬上，而且重點主要是如何避免軍種本級利用所掌握的行政資源在作戰指揮上繼續操控戰區軍種組成部隊，在決策流程上干預參聯會和戰區的指揮活動。軍種與戰區指揮權之爭，直到1986年國防部改組法明確了戰區司令擁有指揮全權、從法律上確立了戰區指揮主體地位之後，才算塵埃落定。但是，軍種本級沒有作戰指揮權並不意味著軍種徹底退出指揮鏈，戰區軍種組成司令部依然在指揮鏈條上發揮著應有的作用。
2016年以來，美國國會正著手對國防部的組織結構進行全面審查與評估，籌劃啟動新一輪改革。2017年1月27日，美國新任總統特朗普簽發了“重建美國武裝部隊”的指令，意欲“讓美軍再次強大”。美政府及軍隊一些官員認為，《戈德華特-尼科爾斯國防部改組法》已經執行了30年，未來戰爭形態、世界安全形勢、美軍現存弱點以及未來打贏戰爭能力建設等諸多領域發生了新的變化，當前國防部以該法案為基礎建立起來的組織機制又暴露出諸多短板，為使美國能夠應對國家安全方面不斷出現的一系列嚴峻挑戰，國防部必須在保持其強項的同時，追求更大的靈活性。基於上述認識，美軍新一輪改革的重點主要體現在調整國防采辦程序、進一步強化參聯會職能、壓縮五角大樓官員數量等，特別還提到了“授權各軍種在聯合作戰行動中扮演更加積極的角色”。如此看來，美軍對軍種指揮職能在聯合作戰指揮活動中發揮的作用，可能還會加強。
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