第二個階段，從九十年代中期開始到2000年民進黨上台執政之前。當時在兩岸三地所舉辦的各類研討會，主要集中在兩大議題上面。一是關於兩岸政治談判、結束敵對狀態，以及如何突破政治僵局的問題；二是如何儘快實現兩岸三通，兩岸如何進行經濟合作及全面開展交流交往正常化的問題。
第三個階段，即民進黨2000年上台到2008年下台。由於民進黨堅持台獨黨綱，堅持台獨分裂路線，各類兩岸關係研討會討論的重點議題是反獨和維護台海和平穩定的問題。
第四個階段，從馬英九上台至今。各類研討會討論的重點主要是兩岸關係和平發展的問題，近幾年似乎討論認同問題也成為熱門話題。
余克禮說，“我感到很遺憾的是，大家都認為今天兩岸關係的發展都取得了突破性的進展，但討論統一問題和政治談判問題，似乎成為禁忌，這是極為不正常的現象。在兩岸關係和平發展進入鞏固深化階段，同時都認為也進入了深水區。”在這種形勢下，他認為，研究兩岸問題的專家學者應利用各種兩岸關係論壇的平台，認真探討如何化解兩岸政治分歧、突破兩岸政治僵局的問題，為開創兩岸關係和平發展新前景做新的貢獻。
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