多位專家學者表示，馬英九當局規避兩岸在海洋問題上合作，擔心在兩岸政治定位尚未最終解決的情況下，與大陸合作，將凸顯“一個中國”原則並反襯出台灣的非國家身份，讓他國“誤以為台灣是中華人民共和國的一部分”。
上海國際問題研究院院長助理兼台港澳研究所所長嚴安林表示，台灣當局一直以來把大陸作為主要假想敵，擔心兩岸走太近有“安全”之虞。對中國大陸海軍力量發展的矛盾心理是既期待發展與崛起，也擔憂大陸的發展“會對台灣構成直接安全威脅，面臨‘被統一’壓力。”
全國台灣研究會研究部主任、研究員嚴峻，中國社科院台灣研究所對外關係室副主任、副研究員汪曙申表示，台灣當局也擔心和大陸的合作可能會激怒美國和日本從而失去日美安保體系的“保護”，更擔心會妨礙對美軍事交流及發展與東盟國家經濟合作。這也制約著馬英九當局南海政策，使得兩岸在南海上進行公開維權及合作的可能性較小。
其次，美、日等國際力量的介入制約兩岸海洋合作。
多位專家學者表示，外在勢力的阻擾是兩岸海洋合作存在的一大問題和困難。兩岸在東海和南海進行合作，勢必會遭受到美國力量的介入甚至阻撓。
上海國際問題研究院院長助理兼台港澳研究所所長嚴安林表示，美國與日本對兩岸海洋合作的基本心態是反對兩岸開展任何形式的合作，特別是東海釣魚島主權爭議問題上，日本一直採取分離與離間兩岸的做法。
|
