不過，客觀地看，中國社會智庫無論在自身建設還是在外在環境上，目前還存在著一系列突出問題與不足。比如，社會智庫與決策部門普遍存在信息不對稱問題，所擁有的社會資源、學術資源與人才資源難以有效與政府、企業資源充分結合，參政、議政、資政渠道不夠健全；一些社會智庫在發展建設中“貪大求全”、“一哄而上”、“盲目攀比”等問題依舊存在，社會智庫績效考核標準亟待完善；少數組織或個人打著“智庫”旗號、或以“智庫學者”的名義嘩眾取寵、煽動民粹、違背四項基本原則與中央大政方針、破壞輿論環境、干擾政策運行等等。
針對上述問題，在不久前召開的中央深改組會議指出，要堅持用黨的理論和路線方針政策引領社會智庫建設，堅持把社會責任放在首位，緊緊圍繞黨和政府決策的重大課題開展咨詢研究。要優化發展環境，拓展社會智庫參與決策服務的有效途徑，完善社會智庫人才政策。要完善管理體制，建立重大事項報告制度和信息公開制度。與兩年前的《關於加強中國特色新型智庫建設的意見》相比，此次會議再一次強調了“正確方向”的首要前提與“社會責任”的首要地位。此外，中央也注意到了近年來社會智庫在參政、人才、信息等方面遇到的體制機制障礙，並具有針對性地分別提出指導意見。
展望今後一段時期，作為中國特色新型智庫的組成部分，社會智庫在治國理政的戰略布局中將發揮著越來越重要的作用。但同時要清醒地認識到，鑒於近幾十年來全球範圍內智庫建設的正反兩方面經驗，在未來的發展與壯大過程中，中國社會智庫還將面臨並著力解決以下問題：
第一，社會智庫需進一步明確並強化“問題意識”，力爭做盡早發現問題、及早分析問題的先聲者，而不是僅僅做為既有政策合理化詮釋的辯護者。在這一點上，美國擁有著號稱全球頂級的智庫，但仍然沒能避免美國錯誤發動阿富汗、伊拉克戰爭，沒能避免美國因金融資本主義嚴重問題釀成的金融危機，中國社會智庫的發展需要充分吸取前車之鑒。
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