最近比較明顯的分裂投票議題，大致有以下操作。第一，大力宣傳某黨“總統”穩當選，應把“立委”投給另一黨，不讓某黨整碗捧去。據了解，最近有不少國民黨“立委”候選人為求自保，私下都採此策略，輔選朱立倫並不積極，令黨中央甚為困擾。相對的，民進黨“立委”候選人則深為此耳語所苦，黨中央最近強打“完全執政牌”，全力宣傳要“總統”當選，“立院”過半，穩定執政。據指出，民進黨原本評估“立委”會大贏，超過過半的57席，最近已有滿高危機意識。
第二種分裂投票操作是在藍營、綠營之內，鼓勵支持者把政黨票投給同屬性小黨，協助小黨拿到不分區“立委”席次。例如綠軍的台聯、時代力量、綠黨社會民主黨聯盟向民進黨支持者拉政黨票。親民黨、新黨、民國黨、中華統一促進黨等從國民黨支持者拉政黨票。由於2016選舉有多達18個政黨參戰，政黨票分散在所難免，國、民兩大黨也各採取策略，例如民進黨在不分區名單放了許多社福、弱勢團體代表，即是考量政黨票。國民黨為了擺平地方勢力，在不分區放了許多派系人士，令深藍大表不滿，最近新黨不分區“立委”候選人邱毅連日出席國民黨“立法院”黨團記者會，即有合作的意味。
但由於政黨得票率須達到5%方可獲得不分區席次，為避免選票浪費，可以看出國、民兩黨都有特定的合作對像，國民黨是新黨，民進黨是時代力量。因此被認為，這次綠營能過5%的小黨應是“太陽花學運”崛起的時代力量，老牌的台聯反而有危機。藍軍部分，因親民黨本身也推了“總統”候選人，吃掉泛藍的政黨票，新黨要過5%必須很拼。
第三種分裂投票是在藍綠支持者在各自陣營之內，把“總統”與“立委”票，分別支持不同黨籍候選人。例如，台北市“立委”向來是民進黨的艱困選區，這次民進黨8席只提2人，其他支持小黨或無黨籍候選人，爭取未來在“立法院”的合作空間，並換取“總統”票的支持。目前名調穩定第三的親民黨主席宋楚瑜與民國黨主席徐欣瑩合作參選，即被認為主要目的是拉抬各自的“立委”選情。尤其，民國黨才剛成立，知名度不足卻一口氣推了24位候選人，徐欣瑩搭檔宋楚瑜之後，可以參與公辦政見會與辯論等，知名度大增，對拉抬選情有幫助。
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