值得注意的是，經過這場選舉的檢驗，台灣仍呈現北藍南綠格局，大陸過去幾年加大力度在南台灣採購，ECFA早收清單受惠者也主要集中於南台灣，仍無法撼動台灣的藍綠基本盤，值得深思。惟因台灣南北人口數差距甚大，國民黨只要繼續保持在北台灣的領先局面，藍軍長期執政可以預期。
對於兩岸關係未來的發展，曾任“陸委會副主委”、“淡江大學國際事務暨戰略研究所”助理教授黃介正即分析，馬英九勝選兩岸關係政策的延續性與穩定性都會比較強，美國華府、北京、東京還有周邊國家感覺，相對來講會比較踏實穩定；兩岸先經後政的大主軸應該不會變。
台灣政治大學國際關係研究中心研究員鄭端耀教授指出，馬英九大贏將更有信心進一步推動兩岸政策，除了繼續實施ECFA，也不排除與大陸方面展開政治對話的可能性。但他分析，兩岸政治上想突破、進展並不容易。
台灣選後的兩岸關係，除內部因素，也受複雜的國際因素影響。抵台觀選的前美國在台協會（AIT）台北辦事處長包道格（Douglas H. Paal）即分析，“如果馬英九連任，會讓北京和華盛頓大大鬆一口氣”。
不過，以目前美中台關係現況，兩岸如果從經貿關係發展到政治對話，美國後續的態度值得關注。
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