孫明賢強調，兩岸應加強農業合作，技術合作要互惠、產業合作要互利、貿易合作要互補，既然兩岸是特殊關係，不要用自由競爭的方式，而是應互通有無，尊重買方的意願，台灣要買的才銷過來，大陸要買的才銷過去。
在簽訂ECFA之後，兩岸對於保護智慧財產權已經有共識，將會加強執行，孫明賢認為，所謂技術的保護應該是保護商業利益，而非不能讓別人運用，全世界所有的農業品種，沒有一樣是敏感的，應該推廣給農民使用，目前沒有法律可以禁止品種流通。
孫明賢說，目前830項農產品還是不准從大陸輸入，但台灣已經是一個開放的市場，現在只禁止大陸的農產品，其他國家的農產品照樣進來，尤其台灣加入WTO之後，市場更加自由化，台灣從其他國家進口的農產品越來越多，但對大陸處處設限。
孫明賢舉例，日本的富士蘋果因為品種好的關係，全世界都有種植，大陸種植最多的也是富士蘋果，品種是由日本賣出的，當然有利可圖，台灣有許多優良品種，不應對大陸設限，應該由政府出面，與大陸農業部門建立管道，協助農民將優良品種與技術銷到大陸，發揮最大的經濟利益。
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