他認為，此一事件的後續發展，乃至於兩岸學術交流等，對於兩岸關係會帶來了不穩定的變數，因為看不到彼此的善意。
吳宗憲接著說，最近影響兩岸關係的另一個紛擾是“國家保防工作法”（簡稱保防法）。蔡政府研擬的保防法，因為行政上的溝通流程出問題，讓草案內容提前曝光，立刻被藍營抓住機會，抨擊為“人二復辟”、“綠色恐怖”。
他說，保防法掀起了藍綠又是一陣惡鬥、吵得很兇；加上政治力的介入，擴大牽扯到反滲透、共諜等話題。事態的發展，很可能讓大陸認為台灣在兩岸關係上將有什麼針對性的大動作。
吳宗憲表示，保防法本來就有需要，即使是標榜民主的美國也一樣都有，只是要訂什麼標準？就要好好的研商了。此事，“行政院長”林全已經出來講話，強調政府也無意嚴格立法，已曝光的草案內容不能視為“行政院”或“法務部”態度等等。“
他對中評社指出，保防法的確應該立法，但基礎應該放在把不該做的（例如洩密、提供情報等）行為規範有清楚界定，禁止事項以外的事就不必去管了。這麼做，可以減少情治系統不同單位因為彼此競爭壓力而刻意羅織入罪的模糊空間，也能降低言論自由因此受害的可能性。
吳宗憲認為，兩岸高校交流承諾書、保防法立法爭議，都有行政疏失加上政治力推波助瀾的現象，對於兩岸關係的穩定都有不利影響。但到目前為止，兩岸政府基本上皆能理性面對，並未隨政治力操作起舞，也沒有出現激烈的言論去刺激對方。
他觀察，蔡政府對這兩件事，尚能以理性、低調、不口出惡言的態度面對，有助於讓相關紛爭可以早點落幕；這與傳統民進黨動輒激烈喊話，是有明顯的差異的。
他認為，蔡英文對兩岸關係採取冷靜而有謀略的基調，應該會再維持一陣相當的時間，因為蔡政府目前優先要處理的應該是內政，包括年金改革、同性婚姻、一例一休、核災區食品進口等議題，兩岸關係似乎還不急著去處理；中國大陸對處理兩岸關係，也沒有很大的急迫性。
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