黃輝珍（左）與中評社社長兼總編輯郭偉峰親切交談
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尤其，現階段台灣面對嶄新的國際局勢變化、快速發展的兩岸關係，處於和過去60年截然不同的新局面，既有新挑戰也有新機會。台綜院對自身未來發展，應有新的反思、新的抱負、新的策略，要充分掌握台灣的優勢與不足，進一步發展優勢、彌補不足，讓台灣新時代得到健康快速發展，累積未來源源不絕的生命力與競爭力。
台綜院自主運作
李登輝關心但從未過問研究業務
在答覆關於榮譽董事長李登輝先生與台綜院實際運作關係的提問時，黃輝珍說，李先生從2000年卸任“總統”之後，就擔任台綜院的榮譽董事長。這是台綜院的榮譽。李先生是美國康乃爾大學經濟學博士，曾經長期擔任教授與研究工作，是一位國際知名的傑出的農業經濟學者，相當尊重學術研究的自主性與專業性。據我所知，李先生一向尊重台綜院的自主運作，關心台綜院的發展，卻不曾過問台綜院的研究業務。台綜院的研究領域和性質，主要是專業性、科學性、學理性的公共政策研究，超乎黨派與個人。
黃輝珍說，李先生2001年創辦群策會，其下設有“李登輝學校”，並親任董事長。群策會較具政治性與行動性，李先生卸任後政治上的構思與想法，通常是透過群策會進行表述和主張。事實上，李先生在海內外的威望很高，他的思想主張不需經由組織平台傳播，就能夠得到各方面的重視。
台綜院與政府決策的關係
當問及台綜院將來與馬政府的政策磨合、會不會向馬政府的兩岸政策和對外政策提供建言時，黃輝珍說，智庫之所以為智庫，與政治團體不同：政治團體有鮮明的主張，有政治行動的必要；智庫則不然，智庫應該是學術化、專業化、理性化的研究平台。
所以，智庫不必有自己鮮明的意識型態，智庫主要是聚合人材，蒐集資訊，透過科學、專業、有系統、有層次的專案分析，提出各種方案，分別做出利弊得失的科
學評估，最後由決策者、由社會大眾來做判斷與選擇。
黃輝珍說，作為台灣一家負有公共責任的智庫，台綜院很樂意秉持專業超然原則，協助台灣的政府、台灣的執政者，扮演好知識研究提供者的角色。至於政府會不會接受台綜院的方案，自然會有各種具體的判斷和選擇。雙方角色區分很清楚：我們負責做研究、提方案，政府負責選擇、決策；決策之後，政府要為政策負責，做得好就是政績。
目前兩岸關係是60年僅見
談到兩岸關係，黃輝珍說，目前兩岸關係的新局面，是60年僅見。從1949年到2009年的今天，兩岸關係已經截然不同。60年前那種針鋒相對、勢不兩立的鬥爭，到今天整個大局勢、大氣候，已經朝向“和”與“通”的方向發展：“和”就是和平，“通”代表溝通、交流與合作。
這當然是源於兩岸各自內部出現大變化、國際局勢出現大重組的結果，是歷史規律發展的趨向，總的來講是好的。在此大變化之下，兩岸都必須做出變革調適：如果調適得好，“和”與“通”的形勢會更好，會出現雙贏格局；反之，如果調適得不好，輕重失衡、急緩失當，未來難免還會有曲折與反覆。
黃輝珍說，台灣內部面對兩岸關係巨大變化的嶄新局面，源於背景不同、立場互異，加以利益結構因此大幅調整，思想意識因此深刻變換，在政治上難免出現糾葛於歷史與現實的生態激盪。朝野政黨之間不斷產生矛盾衝突，甚至形成幾乎水火不容的對立格局。積累既久，糾結更深。
黃輝珍進一步表示，2008年中以來，兩岸關係迅猛發展，台海形勢根本變化，大多數台灣人民普遍有程度不一、或多或少的適應不良問題，潛伏著一種又新奇又疑惑的不安情緒。面對此一氛圍，比較值得重視的是，政府對局面的掌握是否完整充分？所採取的政策是否正確明確？與人民的溝通是否及時通暢？
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