所謂的兩岸溝通協商之實質障礙，指的是兩岸當局分別從不同的立場及角度來主張兩岸政策之實質內涵。這些內涵十分廣泛，觸及到各個層面，包括一個中國內涵、九二共識內容指涉、一中框架的制度設計、兩岸政治定位與政治關係、兩岸主權與治權問題、兩岸涉外事務、國際活動空間、兩岸文化協議，甚至到國共終止敵對狀態、建立軍事互信機制、簽署兩岸和平協議及兩岸合情合理的政治安排與制度和法律的設計等，透過這些實質內容，加深兩岸互信，強化中華民族認同。只可惜這些實質內容，每一項藍綠紅三方都有各自既定立場，有的彼此有交集，有的南轅北轍，如此情況致使兩岸協商之實質進展產生相當大的阻礙，若想要磨合，恐怕時間不短、難度不小。
兩岸這些年來，反覆經過屬性不同、層次不一、議題相異的對話機會，但始終無法排除這些存在於兩岸協商間的程序與實質障礙，夾雜著藍綠紅三方利益的博奕，使問題處理起來十分棘手。
我們都知道先程序後實體，程序正義很重要，但每一項實質內容恐怕更需要關注，不能被模糊、被曲解、被漠視。誠如楊開煌教授所言“兩岸關係走入深水區，精準的政治定位是很重要的”。精準的政治定位指的就是兩岸間實質性的問題，在探討這些實質性的問題前，必須先設法排除程序障礙；至於民進黨一再以程序性障礙來阻礙兩岸實質性進展，此心態若不改，恐怕民共互信難以建立，也永遠找不出對大陸的一套理論與說詞。因此程序與實質障礙是兩岸協商溝通所客觀既存的事實，需要分階段、分步驟、先經後政、先易後難、先程序後實體來處理及化解。
儘管兩岸存在程序與實質障礙，可喜的是，兩岸當局對於事務性的進展並未因此而停頓下來，包括ECFA、十九項協議、兩岸兩會互設辦事機構等，每一項都是得來不易的成果，其中存在許多兩岸程序與實質之障礙，但終究能夠一一排除，這充分顯示只要有心，問題終究有解。
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