在“台灣主體意識”高漲的形勢下，島內藍綠兩大政治陣營均強烈反對“台灣是中國的一部分”。在蔣氏父子治理台灣時期堅持“台灣是中國的一部分”，當然是指台灣是“中華民國”的一部分，因為“中華民國”曾經代表中國。在今天台灣的“中華民國憲法”框架下，台灣仍是“中華民國”的一部分，也可簡稱為台灣是中國的一部分。強烈主張台灣是一個主權獨立國家與否定“中華民國”的民進黨，當然反對“台灣是中國的一部分”的主張。但最令人費解的是，國民黨的立場發生了重大轉變，不僅不再強調與主張“台灣是中國的一部分”，反而強烈反對國際社會對“台灣是中國的一部分”的稱謂與表述。馬當局對國民黨退休將領表示“共軍、國軍都是中國軍”的說法進行強烈批判，認為這種行為是“背叛台灣人民”。日本教科書有關“台灣是中國一部分”的提法，馬當局立即表示強烈抗議。世界衛生組織內部相關文件認定“台灣是中國的一部分”，不僅民進黨攻擊，國民黨當局也強烈反對與抗議。可見，國民黨與民進黨在反對“台灣是中國的一部分”這一問題上立場與態度已完全趨同。
“住民自決論”已成國、民兩黨共識。民進黨主張台灣獨立的立論之一是依據《三藩市合約》認定台灣主權未定論，從而在黨外時期就提出台灣“住民自決論”，即由台灣人民自己決定台灣的前途與命運。這一思想一直延續到民進黨的誕生之後，成為民進黨的重要“台獨”思想之一，即逐步形成“台灣前途由2,300萬台灣人民決定”的“台獨”論調。民進黨於1999年公佈的《台灣前途決議文》表述是，“台灣是一個主權獨立的國家。——台灣固然依目前憲法稱為中華民國，但與中華人民共和國互不利屬，任何有關獨立現狀的更動，都必須經台灣全體住民以公民投票方式決定”，這也被認為民進黨從“台獨公投”轉為“統一公投”，其核心就是台灣人決定台灣前途。
國民黨過去是反對民進黨這一“台獨”主張的，認為這一主張違背了《中華民國憲法》。但在民進黨“民粹”政治動員與強化“台灣主體意識”的步步緊逼下，國民黨逐步改變立場，濫用民主原則，近年來開始明確公開強調“台灣前途由2,300萬台灣人民決定”。馬英九當局儘管一方面強調“中華民國”是一個主權獨立的國家，另一方面又強調“台灣前途由2,300萬台灣人民決定”，步上了民進黨一貫主張的“台灣住民自決論”的立場。這是國民黨“民進黨化”與“獨台化”的典型表現。台灣前途不是由“中華民國國民”共同決定，而是僅由台灣人民決定，是嚴重的“違憲”行為，是“台灣主體意識”高漲與普及化的必然結果。
“台灣主體意識”成為馬英九當局新的政治思維與施政原則
在“台灣主體意識”高漲下，國民黨政治主張向本土化位移，向台灣化方向轉化，不再有兩岸政治上的統一思維與主張。
2012年初，馬英九在大選中獲勝之後發表的當選感言，充分揭示了國民黨當局在“台灣主體意識”影響下政治主張的“台灣化”、“本土化”與“去統一化”傾向。馬英九在當選感言一開始就表示，這場選舉不是馬英九個人的勝利，而是“台灣人民的勝利”，“是我們一條追求清廉、繁榮與和平的台灣路線的勝利”。馬英九第一次明確提出“台灣路線”概念，已受到島內主流媒體的關注與認同，預計“台灣路線”很可能成為未來馬當局的重要施政理念，並可能會有進一步的論述。“台灣路線”的提出，可能進一步強化“台灣主體意識”與台灣的政治（國家）認同，逐步演化為“新獨台意識”，而不利“兩岸共同意識”或“兩岸共同體意識”或“中華民族意識”的培養與發展。
在當選感言中，馬英九認為台灣人民給了他明確的使命，他要盡力完成創造“台灣新歷史的任務”。這個任務是什麼？馬英九沒有明確回答，但從他的整個論述與選後在媒體刊登的“謝票廣告”中可以看出端倪：“未來會用生命捍衛中華民國主權、台灣的安全跟台灣人民的尊嚴，生生世世為台灣奮鬥到底，這是對台灣最莊嚴的承諾”。可見，馬英九在某種程度上有明顯的“民進黨化”趨勢，賦予“台灣”崇高的政治價值，將“台灣神化”，他要為“台灣奮鬥到底”，這已不僅僅是“台灣政治偏安”的問題，完全失去了對“中華民國”終極目標兩岸統一的堅持，回避了對中華民族與中華復興的任何期待，甚至連“中華民族”的一字半語都沒有，完全消失在他的感言之中。台灣綠營學者與文學家陳芳明給予馬英九的“台灣路線”高度肯定，認為“馬‘總統’所表達的台灣關懷，已經與民進黨無分軒輊”，“他再三強調‘台灣新歷史’與‘台灣主體’，鮮明指出海島（台灣）未來的發展主軸”。
馬英九這次勝選的原因很多，其中民眾對馬英九執政最肯定的是他務實、開放的兩岸政策與路線以及兩岸合作取得的重大成就。但在馬英九的當選感言中，有關兩岸關係論述的內容十分有限，僅有兩句話，而且缺乏實質性內容，僅強調“未來四年兩岸關係會更和諧會更有互信，衝突的機會會更小”，沒有提出任何兩岸關係發展的新理念與目標。特別是馬英九沒有提到讓他當選的關鍵性因素“九二共識”的概念。
在談到經濟、文化交流時，不是強調海峽兩岸的經貿往來與文化交流，而是“希望加強跟全世界的文化交流、跟經貿往來，讓台灣在世界經濟及文化的版圖上能夠昂然豎立，成為推動文化交流及經濟發展重要的力量”。這一論述顯示了馬英九急於拓展國際空間以及在國際社會彰顯台灣的政治企圖與願望，但卻沒有明確提出如何促進兩岸經貿往來與文化交流的主張。顯然，這是馬英九“從大陸走向世界”路線受到蔡英文、民進黨“從世界走向中國”路線的擠壓，逼迫做出的兩岸路線與國際路線調和與修正，是一種退步。顯然，馬英九在經濟議題上也在強調維護台灣經濟的主體性與多元性，避免兩岸經濟的融合與一體化發展，是“台灣主體意識”在馬英九兩岸經貿發展思想上的重要體現與發展。可以預期，“台灣主體意識”已成為未來馬當局施政與兩岸關係政策的重要決定因素。最近，馬英九放棄兩岸簽署和平協定的主張，而將兩岸經濟性、事務性協定視為廣義和平協定，是馬英九在兩岸關係尤其是政治關係上倒退的重要反映，未來動向值得重視。
“台灣主體意識”高漲不利兩岸社會融合與對“兩岸一中”的認同
“台灣主體意識”被完全政治化與工具化之後，台灣政治人物尤其是泛綠陣營將台灣“神化”與“國家化”，“台灣”兩字已神聖不可侵犯，不容挑戰，一切思維“以台灣為優先”，一切行動“以台灣為主”。“愛台灣”，“守護台灣”，“天佑台灣”之類的政治口號，是台灣被神化的典型描述。“台灣被神化”是“台灣意識”與“台灣主體意識”質變的標誌與典型。這種意識與思維不利兩岸關係的長遠發展與和平統一。
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