2013年，崔永元最後一次交上辭職報告，為了好好和方舟子“吵架”。
從2013年9月開始，崔永元花了極大的精力在研究轉基因上，他甚至自費赴美拍攝有關轉基因的紀錄片，通過互聯網播放。他在2014年的政協會上提案，要求了解農業部“國家農業轉基因生物安全委員會”的職能、業務程序和工作流程。
崔永元說自己維護的是消費者的知情權、選擇權。他的理由簡單：如果轉基因真的好，為什麼如此經不起質疑和反對？
2014年6月16日，崔永元發表公開信，要求就“轉基因”和中國農業大學校長柯炳生公開辯論。此前一天，柯炳生在農大主辦的“2014中國農業發展論壇”上，對崔永元拍攝的轉基因紀錄片發表看法，認為其觀點“不是主流，站不住腳”。
“在轉基因領域，你我都是外行。農大的學生很棒，他們在網上捍衛柯帥，雖情緒激動卻很少謾罵。所以，我們可以當著他們辯論一次。”崔永元說。
2014年6月12日傍晚，南方周末記者在中國傳媒大學老圖書館專訪崔永元。這座8600多平方米的老圖書館，如今成為崔永元的老電影資料館和崔永元口述歷史研究中心。與其他博物館不同，每天5點半下班後，這裡又成為學生的公共自修室。
離開央視，51歲的崔永元現在是北京市永源公益基金的理事長，也是中國傳媒大學的一名教授。他今天從事的主要工作，其實早在他仍是央視名嘴的時候，就已經在進行。2002年他開始了口述歷史的搜集拍攝，2007年他開始鄉村教師培訓項目，並成立崔永元公益基金。“不得不說，央視對我有點特殊。”崔永元說。
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