當時金陵大學歷史系美籍教授貝德士全家正在日本度假，他非但不慶幸自己躲開浩劫，還與家人分別、衝破封鎖只身回到南京。1936－1941年期間，他曾7次訪問日本，代表基督教教會，利用當地資料研究亞洲現狀、日本社會狀況及政府政策動向。從貝德士遺稿可以看出，他在1937年之前就向國際社會發出警告：日本軍國主義必將推進大規模侵略戰爭，當時只有極少數美國學者認識到這一點。
和貝德士一起留下的，還有美國長老會牧師米爾斯，金陵大學社會學教授史邁士，農藝學教授里格斯，德國西門子公司駐南京辦事處負責人約翰·拉貝，美國聖公會南京德勝教堂牧師約翰·馬吉，美國基督教南京青年會牧師喬治·費奇（又名費吳生），金陵大學鼓樓醫院美籍代院長特里默，醫生威爾遜，德國禮和洋行工程師克勒格爾等。這些西方人在南京生活多年，以“老市民”自居。其中有15人來自美國教會。第一次世界大戰後，北美學生海外布道運動興起，一批年輕的傳教士應此潮流來華，在金陵大學、金陵女子文理學院任教。這些學者型傳教士自稱“南京幫”，將大半生精力都投入到南京高等教育事業。
1937年11月，日軍攻陷上海，大舉西進，直逼南京。金陵大學董事會董事長杭立武邀約留下的這些外僑，決定效法上海，成立南京“安全區”，供難民避禍。東至中山路，北至山西路，南至漢中路，西至西康路。這是一塊只有4平方公里的狹長地區，位於南京市西北角。金陵大學（今南京大學），金陵女子文理學院（今南京師範大學），鼓樓醫院，美、德、英、日大使館及許多政府機構、高級公寓、私人洋樓都在安全區範圍內。
德國人拉貝被選為安全區國際委員會主席。杭立武被推為國際委員會總幹事兼安全區主任。後來杭奉命護送朝天宮古物西遷，離開南京，總幹事一職由貝德士繼任。經杭立武推薦，喬治·費奇被國際委員會聘為副總幹事，兼安全區副主任，主持安全區的實際工作。總稽查由約翰·馬吉牧師兼任。安全區為體現人道、中立，去除政權色彩，掛的不是青天白日滿地紅，而是民國初年使用過的五色旗；徽章上畫著黑圈紅十字。大批難民湧向紅十字庇護的區域。到12月16日，難民所已發展為25個，後來居住難民人數達25萬。日軍為使安全區崩潰，百般刁難米煤供應。為養活這幾十萬人，國際委員會成員一方面與日軍談判爭取，一方面偷偷出城購買。貝德士改變自己的飲食習慣，不再吃面包，和難民一樣喝稀飯，以節約糧食。
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