1941年初，昆明已屢有空襲。到了8、9月，學校大遭轟炸，圖書館、飯廳、教室、寢室都有損壞，聯大同學當時是“床床雨漏無幹處”。跑警報逐漸成了日常課程。費孝通後來寫道：“警報密的時候，天天有；偶然也隔幾天來一次。我在這些日子，把翻譯《人文類型》排成早課。大概說來，十點左右時最可能放警報的。一跑可能有三四個鐘頭，要下午一二點鐘才能回來。所以，一吃過早點，我太太就煮飯，警報來時，飯也熟了，燜在鍋裡，跑警報回來，一熱就可以吃。”有一次躲警報回來，“文化巷已經炸得不大認識了。……哭聲從隔壁傳來，前院住著一家五口，抽大煙的父親跑不動，三個孩子，一個太太，伴著他，炸彈正落在他們頭上，全死了。親戚們來找他們，剩下一些零碎的屍體。在哭。更壞的一件一件傳來。對面的丫頭被反鎖在門裡，炸死了。沒有人哭，是殉葬的奴隸。我鼓著膽子出門去看，幾口棺材擋著去路，血跡滿地。我打了一個惡心，想吐，連忙縮了回來。……城裡的轟炸從那時起一直到‘飛虎隊’光臨，足足有兩年，著實凶惡了不少”。在戰爭中，畢生的學術成果可能毀於一顆炸彈，也可能消失在一次空襲警報的混亂中。無論什麼時候跑警報，金岳霖教授都攜帶著《認識論》的稿子，這部稿子花了他近30年心血的成果。躲在小山坳裡避難時，他就坐在那件寶貝上，格外注意防範。一天，空襲警報解除之後，他匆匆忙忙往城裡趕。刹那間，他意識到自己把手頭的巨著丟下了，便趕緊返回原地，但書稿已經不見蹤影。事隔差不多40年後，他調侃著回憶，“很可能被別人拿去包花生米了”。他重寫了全部70萬字的書稿。
戰時的研究者是在極其惡劣的條件下工作的。藏有珍稀典籍的圖書館和配有最新科學設備的實驗室都擱置在淪陷區。運出的藏書和儀器要麼毀於途中，要麼在到達目的地時已七零八散。從化學用品到書寫用紙，基礎材料的供應都很吃緊。中國科技史專家李約瑟在1943年3月訪問雲南後，發現自然科學的每個學科都有人在簡陋至極的實驗室裡堅持工作。那時，戰時科學研究最有成果的階段已經過去了。戰時在雲南開展的大量研究，尤其是理工科的項目，都是在昆明僻遠的鄉村進行的。清華的無線電研究所設在大普吉，距昆明城有五六公里路。清華的農業研究所病害組也設在大普吉。沈同教授在泥地瓦屋這樣簡陋的小屋裡繼續開展動物生理學研究。戰時，數學系的華羅庚發表了20多篇論文，以他的第一部通論性著作《堆壘素數論》獲得教育部嘉獎。由於設備極度缺乏，實驗科學的研究成果削減得最為厲害。聯大的實驗物理相當薄弱。
北大的吳大猷認識到，除非中國最重要的學者在一定程度上繼續保持研究的技能和精神，否則戰後不可能開展學術建設。為了維持科研水平，他開始自行設計器材，利用搶救出的分光儀的光學部分，加上一具同事從美國帶回來的低壓汞弧燈，在崗頭村一個小泥屋裡的臨時木架上拼凑成一個簡陋的分光儀，研究拉曼效應。曾經留學劍橋的趙忠堯和張文裕則繼續做實驗研究宇宙射線。後來獲得諾貝爾物理學獎的楊振寧曾回憶，他後來的工作，包括他獲得諾貝爾獎的研究，都可以追溯到他在聯大時期在吳大猷指導下寫的學士論文；而他的碩士導師、畢業於劍橋的王竹溪，是昆明“最熱情最淵博的教授之一”。1945年，楊振寧進入芝加哥大學深造，師從著名學者費米（Enrico Fermi）和泰勒（Edward Teller），卻驚奇地發現，“在芝加哥課堂上的收獲並不比我在中國所學到的多”，因為中國的老師在教學上“更認真，準備更充分，內容也更深”。
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