直到1991年4月22日舉行的第一屆國民大會第二次臨時會，三讀通過廢止《動員戡亂時期臨時條款》並通過《中華民國憲法增修條文》，5月1日廢止《動員戡亂時期臨時條款》。然而，此時就在政治秩序上衍生十分嚴肅的憲法問題：
第一是在中華民國憲法之下，北京政權是否合法？
第二是在中華民國憲法之下，北京政權的政治身份為何？
第三是在中華民國憲法之下，北京政權與台北的中華民國政府的關係為何？
而上述嚴肅的憲法問題背後就存在著海峽兩岸原本同屬一個國家、一個中國原則，否則上述的問題，根本就不存在。
第一、當中華民國在1987年宣告台澎地區解除戒嚴時，上述問題仍不存在，因為部分地區解除戒嚴，其他仍在“動員戡亂”的法律的約束之下，“兩岸同屬一個國家”的法理基礎沒有改變，戡亂的對象也沒有改變，但是1991年終止《動員戡亂時期》，其實就是承認中國國民黨領導的中華民國政府在國家統治權競爭上的失敗，所以在中華民國看來，“終止動戡”即承認“北京政權”也是中國境內的合法政權，但是中華民國並沒有投降，所以在中國的國家內就有兩部憲法、兩個合法政權。
第二、那麼中國的國家內就有兩個合法政權，其政治身份是什麼？按1991年4月22日舉行的第一屆國民大會第二次臨時會，一併通過的《中華民國憲法增修條文》，在一開始就是“為因應國家統一前之需要…”，其第一條是“中華民國自由地區…”，〔6〕由此我們可以推測出當年中華民國政府其憲法的法理思考：一是中國“終歸統一”，即是終歸是“一個中央政府，一部憲法”的“統一國家”，不過目前是“統一前的狀態”；二是未統一前的中國是什麼狀態呢？此時的中國在中華民國看來，中國分為自由地區和其他，到1992年制訂“台灣地區與大陸地區人民關係條例”改稱“台灣地區：指台灣、澎湖、金門、馬祖及政府統治權所及之其他地區”和“大陸地區：指台灣地區以外之中華民國領土”。〔7〕三是相對於管轄權而言，在“終止動戡”時代之後，北京的政權在中華民國憲法之下是管理大陸地區的合法政權。
第三、如果北京的政權在中華民國憲法之下是管理“大陸地區”的合法政權，那麼他與中華民國政府是什麼關係呢？從憲法增修條文法理上說，很明顯“中華民國政府是中央政府，大陸的北京政權不是中央政府”，那是什麼？當時的中華民國政府沒有答案，但十分清楚地“終戡”代表了“戡亂”失敗，所以上述的法理不可能是解決問題的方案。到了“國統網領”時，就提出“互不否認對方為政治實體”的說法，“政治實體”乙詞，避開了“一個中國”裡，立刻要確定誰是中央政府的困擾，此一說法衹解決了台北要求的兩岸“對等”的問題，嚴格而言，“互不否認”與“大陸地區”之間是有方盾的，因此，當年並未解決如何表現“互不否認”的問題。
但是，對北京而言，不可能從主權國家的中央政府，自我降格為“政治實體”；更不可能在雙方無“政治互信”的情況下，冒著國際上出現“两個中國”、“一中一台”、“台灣獨立”等中國法理分裂的危險，去承認兩岸的“對等”的政治地位；同時對於中國國民黨提出的缺乏具體內容和操作模式的“互不否認”也很懷疑。總之，中國國民黨執政的中華民國政府在解決兩岸問題時，除了堅持“一個中國”、“中國統一”的原則外，在具體的交流互動的政治統戰層次，雖然已經“失敗”，但依然憑藉著經濟發展的優勢，殘留內戰時期中央政府的姿態，以為解決政治問題的依靠；而共產黨也需要時間瞭解蔣氏之後的國民黨。因此，“困難”並沒有在當時解決，其後中國共產黨想到的方法，就是提出在“兩岸兩會”的協議中明文“一個中國原則”。
（二）“一個中國原則”的摸索與叛離
兩岸開放交流之後，兩岸都必須學習和平地處理交流交往所衍生的問題，特別是涉及法律、行政管轄如海上犯罪、偷渡走私、文書查（驗）證、財產繼承、婚姻關係、經貿糾紛等許多亟待解決的問題，惟以雙方相對政治身份仍未解，乃各設委託單位，以民對民的身份代表解決，其實代表的思路都是兩岸雙方均堅持“一個中國”原則，但是由於仍缺政治互信，是以北京方面要求在雙方協議明載，“一個中國”原則的文字，〔8〕這原本就是中華民國政府一貫的立場，但在北京提議的情況下，中國國民黨統戰恐懼感〔9〕和蔣經國誤選的接班人其台獨真正目的，就不自覺地、敏感地結合，故而否定此一提議，試看當年掌權者的作為就十分明顯：
先是反對並阻止“國家統一綱領”送立法院通過，從而形成“國統綱領”衹是中國國民黨執政的政策，而非政府的“國策”，所以其他政黨執政自無遵守的義務。
次是在閃躲“兩岸同屬‘一個中國’原則”的文字化，甚至連當時承諾的各自以口頭表述，台灣也沒有正式提過。從而為兩岸“有無”共識，埋下爭議的空間。
其三，原本兩個“政治實體”之間“互不否認”的設想，特別是九十年代中國國民黨在野心陰謀家錯誤的引導下，使用“尊重中華民國的存在”為說辭，將兩岸關係偷渡成“相互承認”；其實衹要“相互承認”了，中國就公開分裂，那就是承認“兩個中國”、承認“台獨”，哪裡還有一中原則呢？所以北京特別警惕其中的界線。
其四，到了野心政客掌權的末期，藉其必須下台、不再掌權的無奈和不甘，仍以破罐破摔的心態，直接拋出“兩國論”，為分裂中國的言論和作為引路開路；特別是開啓了中國國民黨黨內衹重權力，不重中華民族利益的投機政客，跟隨台獨分裂分子的錯誤，步上“媚美非中”的自我矮化，甚至是自我消亡的道路。“一中”原則自此成為中國國民黨的政治禁忌。
總之，如今看來，兩岸交流所應有的“中國、理解、善意”（海基會成立之初三原則：中國的、善意的、交流的），從“一個中國原則”的齟齬、爭執到否定、背棄的過程中，逐步耗損殆盡，而且成為兩岸衝突的總根源，歷史何其諷刺。
（三）兩岸和平的支柱
回顧近數十年的兩岸之間的和平時期，其實最重要得利於兩大支柱：一是兩岸關係的外部結構，得利於“聯合國的2758號決議文”，特別是1972年中美在“上海公報”對“一個中國”的認知：中方稱“一個中國原則”；美方稱“一個中國政策”，內容雖不完全相同，而核心內涵並不相反，其後又補強於1979年“中美建交公報”及1982年的“八一七公報”。二是兩岸內部之間的“九二共識”（見前文），補強於2015年的“習馬會”。
一外一內堅實地構建起兩岸之間的和平發展，以及對地區穩定關係的巨大貢獻，而外部結構對“一中原則”的堅持與維護，是台海和平的“定海神針”；而“九二共識”則是兩岸共同發展，一體發展的堅實基礎。如果兩相比較的話，以現代不斷飛速崛起的中國而言，外部結構一旦鬆動，必然立即引起天翻地覆的變化，所以大陸屢屢對美警告，“台灣問題事關中美關係政治基礎，處理不好將產生顛覆性影響”，而且最近中共中央外事工作委員會辦公室主任楊潔箎當面告知白宮國家安全顧問蘇利文“這個風險不僅存在，還不斷升高”。〔10〕反之，兩岸之間，由於主動權和主導權都牢牢掌握在大陸手中，所以其影響層面，主要是台灣的發展，可以肯定是台灣的損失大於大陸，而且是不成比例的影響。
從兩岸關係的角度來看，聯合國的“2758號決議”和中美“上海公報”，確立了兩岸關係在當前國際社會的法理身份，提供穩定的政治定位，當然台灣並不滿意，所以屢屢發起挑戰，然而除了個別國家的代表處更名，外國非現役政要訪台之外，在國際組織上，除非台灣遵行“一個中國”，否則任何國家或集團協助也都不可能有所突破。
1、“九二共識”與台灣的發展
而“九二共識”在確立的第一個時期（1992～2000）在兩岸“協議”方面，雖然1993年4月舉行的“汪辜會談”簽訂了四項協議，基本上屬兩會之間會務協議，至於兩者之間，由於當年掌權者的私心，某些政客的破壞，所以並無建樹；然而在1998年完成“海基會”領導人的訪問大陸之行，還是有效地緩解了1996年因為美國破壞“一個中國”認知所造成的台海危機。
在“九二共識”再確立的第二個時期（2008～2016）可以說是兩岸關係和平發展的示範時期：
（1）協議方面：在8年之內，兩岸兩會高層舉行11次會談，簽署23項協議以及兩項共識聲明，這其中影響較大的包括“兩岸經濟合作框架協議”簽訂、兩岸定期班機直航啟動、兩岸共同打擊犯罪合作，以及承認大陸高校學歷，允許陸生來台等等措施。〔11〕穩定兩岸和平發展的大局，以企業赴中國大陸投資來看，從1991年到2020年10月投資件數共44,312件，投資金額達1,912.2億美元，佔台灣對外投資總額比重為56.10%。根據台灣海關統計，兩岸雙邊貿易總額由1990年的51.6億美元，快速增加至2016年的1,178.7億美元，平均每年成長率約為15%，其中，台灣對大陸出口總額由44億美元增加至738.8億美元，台灣自大陸進口總額則由7.7億美元增加至439.9億美元，貿易順差從36.3億美元增加至298.9億美元。〔12〕
（2）兩岸“互不否認”的探索
除了上述的交流交往之外，北京也格外珍惜兩岸再次確認“九二共識”時期，從而逐漸摸索“互不否認”的表現方式，先是允許在兩岸兩會的協商中，加入雙方的主管事務的官員，可以用顧問、代表等非官方的身份參與協商。
其後又進一步促使兩岸相互主管兩岸事務的官員，直接以官銜相稱、見面、晤談，協商；走到這一步，兩個“政治實體”之間“互不否認”的設想，衹剩下涉及“國家主權”的部門機構的官員不能以真正的身份見面，如國防、外交、國安等單位。
2015年北京又用“習先生與馬先生”稱謂，促成兩岸領導人在新加坡見面的模式，直接創造兩岸兩個政治實體領導人“互不否認”直接見面的最高模式，顯然北京所欲展示給台灣的“政治信號”十分明確，即北京政權已將原本的“經濟性、事務性、功能性、民間性”的“九二共識”的功能，擴充為政治性的互動基礎，衹要台承認此一“政治基礎”，則台灣不論政治如何變遷，兩岸關係的和平發展不會動搖，台灣的政治身份也可以在兩岸“一中”的原則下創新探索，共同尋求國家統一前，雙方可以接受的安排。
（3）兩岸“互不否認”的國際探索
更重要的是，台灣在這一段時間，在邦交的層次上保住了顏面。在國際社會的參與包括了世界衛生組織的年度大會WHA，在國際社會也開創了“互不否認”的共同存在的可能性，順勢而為的話，其他功能性，如國際刑警組織、國際民航組織等等，台灣都有希望參與。
十分可惜2016年台灣政治變遷之後，在台灣新掌權者“仇中”的意識形態驅使和美國的裹脅下，台灣不僅沒有把握解決台灣“悲劇性歷史”的機遇，反而將兩岸關係帶入符合美國利益陷阱之中，台灣淪為美國“反中、抗中”的棋子，徘徊在“衝突、戰爭”的邊緣。
事實證明霸權已相對失信、失能的美國能提供給台灣的，除了口惠忽悠和訛詐台灣購買自欺欺人的武器之外，無有任何實惠，而台灣人民則更加焦慮。所以當今的台灣，不是有沒有“九二共識”的問題，而是要不要在詭譎多變的國際變局中，承認“九二共識”，創造台灣和平發展機會的選擇。然而，令人不解的是台灣社會彌漫著一種怪象，明明知道承認“九二共識”，對台灣而言．在政治上無害，在發展上則是極其有利的原則，但在台灣大多數的人都相信台灣當局完全否定“九二共識”的說法，他們寧願台灣讓美國政客毫不掩飾地訛詐與欺騙，縱使禍及其身、債留子孫也不悔改，真正超越正常人的理性思惟，讓所有的政治理論無語。
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