這個理論後來受到李登輝的青睞，用到了他所領導撰寫的國統綱領裡，在國民黨台灣化過程中起了重要的政治作用。後來由於台獨勢力席捲台灣政壇，國民黨在政治上抵抗不了，但有鑑於台灣在經濟上與大陸日益緊密，先經後政再度在陳水扁之後成為顯學。馬英九就職後，正是在先經後政的基礎上，開展了兩岸三通。
但是三通後，台灣政情急轉直下，馬英九對於兩岸政治接觸避之唯恐不及，以求守住他在政治領導上一蹶不振的民意支持。矛盾的是，先經後政乃成為統派團體壓迫馬英九與大陸談判的理論，於是有了兩岸統合論的衍生，將早年對共產主義和平演變的理論，搖身變成為參與大陸經濟發展以促進統一的主張。但馬英九則堅決採取了典型的“不政”的立場，亦即自己絕不影響後代如何解決。
不過，由於兩岸政治談判的呼聲四起，加上釣魚台的領土爭議引發美日兩國擔心兩岸聯手，迫使馬英九對於兩岸政治接觸更加謹慎敏感。無獨有偶，台獨團體因為憂慮兩岸交流大通，故而痛斥馬英九為急統派，對馬英九同樣造成壓力。因此，在 2012年連任之後，他的立場又從“不政”退化到“防政”。任何可能影射兩岸政治談判的蛛絲馬跡，他都要加以澄清，甚或反對。
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