失業率大幅攀升
在民進黨執政以前，台灣失業率長期保持在3%以下。但自民進黨執政以來，經濟發展衰退或放慢造成台灣失業率年均達4.54%，2002年高達5.17％, 失業人數超過51萬人，2006年失業率仍高達3.9%。儘管台灣當局採取諸如公共服務擴大就業方案等改善失業狀况的措施，但由於投資環境惡化，産業外移加速，新型經濟結構未能成功確立，經濟增長减慢，其效果不是很明顯，失業率仍偏高，失業問題成爲台灣當局面臨的另一大困局。
經濟結構轉型緩慢
台灣經濟結構轉型困難主要表現在兩個方面：
一是製造業轉型升級困難重重。
儘管台灣製造業比重趨於下降，但製造業尤其是以電子資訊産業爲主導的IT産業仍是台灣經濟發展的重要基礎。20世紀90年代中期以後，隨著資訊電子産品的低價化以及生命周期的迅速縮短，國際高科技産業分工模式開始出現重大變化， IT産業的國際分工鏈條迅速向低成本的發展中國家和地區延伸，中國大陸及東南亞部分國家成爲全球高科技産業的加工製造地。而此時，台灣電子資訊産業已步入成熟期，在生産成本方面的國際比較利益優勢日益下降，面臨著向低生産成本地區尤其是中國大陸轉移的巨大壓力。
台灣不論是20世紀60年代興起的勞動力密集加工製造業，還是80年代中期以來發展的以電子資訊爲主導的IT産業，均是通過代工生産和代工設計的生産模式獲得發展，關鍵零部件和技術主要依賴美、日甚至韓國，未能培育較完整的上、中、下游産業體系。這不僅造成生産上的被動，而且利潤的大部分轉移給掌握關鍵技術和零部件的外國中、上游廠商。由於台灣對自身研發能力與科技創新能力重視不够，專利的技術含量和發明的新穎性與原創性十分薄弱，導致技術上受制於人；加上整體製造業仍然以傳統的代工生産模式，使得台灣經濟雖已進入以高科技産業發展爲主的時代，但仍處在産業鏈的中下端, 缺乏生産的核心技術, 利潤及産品附加值均較低。隨著台灣電子資訊産業步入成熟期，産業加速外移，更多的國際電子巨頭轉向投資中國大陸，台灣繼續依靠代工生産模式充當國際加工生産基地的優勢逐步喪失。
二是服務業發展出現新的瓶頸。
台灣服務業是典型的內需型産業，其服務對象主要來自島內民衆消費市場和製造業。自20世紀80年代中期以來，隨著島內人均收入的提高及台當局推動經濟自由化，島內服務業步入快速發展期。服務業占台灣GDP比重由1987年的52.2%大大幅攀升至2003年的67.8%。服務業已成爲帶動台灣經濟增長和吸收島內就業的主導部門。但由於製造業主導部門加速外移，企業投資减少，失業增加，過去服務業所服務的對象不斷流失，民衆消費擴張速度减慢，服務業擴張動能减弱，從而服務業市場大大縮减，服務業無法帶動台灣經濟成功轉型。
單向開放的兩岸經貿關係
自1979年兩岸恢復對話以來，兩岸經貿交流與合作取得到了長足發展。
從貿易方面看，雖然至今爲止，兩岸間沒有締結任何的經濟協議，沒有直接暢達的經貿溝通管道，甚至存在台灣當局的政治封鎖，但在台商投資大陸的帶動下，兩岸貿易規模持續擴大，呈較爲典型的投資拉動型特點。目前大陸是台灣第一大出口市場和最大貿易順差來源地，據國台辦統計，截至2007年9月底，兩岸間接貿易總額累計達6933億美元，其中大陸對台出口1196億美元，台灣對大陸出口5737億美元，台灣對大陸貿易順差累計達4541億美元。
從投資方面看，一方面，台商投資祖國大陸發展迅速，不僅投資規模不斷擴大，投資領域也不斷拓寬。據中國商務部統計，從1989年到2006年的17年間，台商投資大陸累計金額增加了140多倍。截至2007年9月底，大陸累計批准台商投資項目74327項，台商實際投資450.4億美元，大陸已成爲台灣對外投資的最大目的地。另一方面，由於兩岸投資是間接投資，即必須通過第三地方可達成，而且，兩岸投資是單向的，即台商可以到大陸投資，而大陸企業不得到台灣投資。因此兩岸投資以台商投資大陸爲主體，大陸在台灣投資很少。
雖然兩岸經濟關係在規模上呈現迅速擴張的態勢，互爲主要貿易夥伴。但總體而言，由於台灣當局的政治阻撓，兩岸尚未建立穩定的經濟合作機制，兩岸經濟關係呈現間接、單向、不平衡的局面，未能實現正常化，台灣不能有效利用大陸人才、技術優勢以及大陸資源，促進經濟結構成功轉型。
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