2.鼓勵民間業者參與農業技術研發
與此同時，台灣當局還積極鼓勵民間業者參與農業技術研發，提供優惠措施，如依參與業者的條件辦理優先技術轉移及技術授權。此外，該項農業技術產學合作計畫將主管部門的研究能量向產業延伸，結合大學及研究所等單位資源與農企業力量，攜手共同解決農業技術開發的瓶頸。這種農業科技研發產學合作創新機制，突出特點體現為：一是加強跨部門合作，積極促成跨國企業研發中心、島內企業研發中心、與學界之間的研發創新合作；二是通過一系列的立法和機制創新，建立起使公立科研單位的成果可通往企業的橋樑；三是大學與農業的產學合作方式日益多樣化。目前大學與農業的產學關係較偏向“研究與訓練的開發”部分，而少涉及“智財開發”端，未來產學合作將向“智財開發”方向發展。
（二）設置門類齊全和分工明確的農業研發體系
台灣農業科技研發機構主要由行政職能部門主管，如隸屬“總統府”的“中央研究院”及其下屬動物、植物、生物農業研究所等；“國家科學委員會”下屬的研發中心；“行政院農委會”及其下屬的各級農業科研機構③。研究所多數屬大學主管，試驗所和改良場的主管部門主要是“行政院農委會”。與此同時，台灣地區已設立門類較齊全的農業學科體系。主要農業學科領域都設置有專門的研究機構。其中，包括生物技術在內的農業基礎研究主要由“中央研究院”、各大學院校及設立於大學內的研究中心負責。農業產業科技研究由台灣地區的“省農林廳”所屬的農、林、水、畜試驗所和改良場，以及財團法人的專業研究機構承擔。而“中央研究院”有關生物技術基礎研究的科研機構有植物所、動物所、生物生化所、生醫所、分子生物所。與此同時，台灣地區各公私立大專院校下屬的農學院、農藝學科系均設立有農林研究所和招收研究生，進行相關學術研究，以培養農藝專家、農業科技人才為主。而且，台灣“行政院農委會”下轄台灣地區數量最多農業科研機構，其中，在種植業方面，包括：農業試驗所、各農業改良場等。在畜牧業方面，包括：畜產試驗所、家畜衛生試驗所等。在水產業方面，包括：水產試驗所、新港工作站。
同時，台灣地區還設有省農業藥物毒物試驗所、特有生物研究保育中心、農業工程研究中心、農業機械化研究發展中心、台灣香蕉研究所、台灣漁業及海洋技術顧問社、台灣動物科技研究所等一些專門科研機構。上述台灣“行政院農委會”和台灣地區省屬的農業科研機構彼此分工清晰，任務明確，各有自己側重的科研目標。例如：台灣地區畜牧業科研機構中的省畜產試驗所是綜合研究中心，養豬科學研究所專門研究大宗畜產豬，疾病防治有省家畜衛生試驗所等，便於基礎研究、品種和技術改良科研以及成果推廣三者之間的緊密聯繫與合作。
再者，台灣地區還擁有眾多冠名“財團法人”的農業相關研究所，主要由台當局農業管理部門或專門的企事業機構出資成立的非營利性的研究機構，從事應用研究，以加速提升農業技術為宗旨。這些研究所是民間組織，講求經濟效益與社會效益，以包容性、前瞻性、尖端性為重點，其成果轉讓為非獨占性，適時以多種方式推廣至產業界，並提供技術服務，輔導培訓農業技術人員。其中，在種植業方面，這類研究機構包括：農業種子資料中心、台灣煙葉研究所、台灣糖業研究所等。在畜牧業方面，這類研究機構包括：台糖公司畜產所、財團法人養豬所等。
另外，台灣地區還擁有亞洲土地改革與農村發展中心、生物技術開發中心、亞洲農業服務中心、農業工程中心、台灣食品工業發展研究所、中華穀類食品工業技術研究所等。由此，與中國大陸相比，台灣地區農業科技研發體系學科門類較為齊全、綜合性機構與專業機構相結合，同時，研究、教學與推廣緊密結合，人員交流順暢；科研、中試、推廣等系列科技工作分工合理、相互銜接，使科技成果能較快形成生產力。而且，科技機構以自然地理區域而非行政區域設置，能根據生產發展需要與農業結構變化及時調整。
（三）加強對農業科研的系統管理
1980年代中期以來，台灣地區通過設立相應的科研管理機構以加強對農業科技研究發展的政策制定、計畫執行、項目管制與運作的規範。其中，1986年，台灣“農委會”成立“農業研究發展小組”，以加強對農業科技計畫的管理與考核。1993年經改組，確定該小組的主要任務為：農業科技發展政策及法規的擬定。計畫的規劃、評審及預算編列，計畫的推動、管理、成果檢討與績效考核。人才培養及國際合作的規劃、推動與管理。科技會議的籌畫及其結論與建議事項的推動；與相關“部、會”、學術及研究機構對有關農業科技計畫的協調與聯繫。之後，該小組又改組為“農業科技研究發展委員會”，主要負責農業科技項目的管理。農業生物科技的基礎研究則由“國科會”生物處主管。同期，在“農委會”內部設立“農業科技審議委員會”，以加強對農業技術發展規劃及“國科會”農業科技研究發展計畫的執行、管制與運作。此外，2001年3月，“農委會”成立“農業科技績效評估委員會”，以加強農業科技研究發展計畫執行績效評估，促使農業科技研究經費有效運用。該評委會的主要任務為評估農、林、漁、牧及生物技術等領域科技研究成果所掌握的技術，以提升台灣地區農業產業競爭力的效益。
三、積極開展農業高新技術研發
台灣農業高新技術發展是研究與開發相結合的產業化過程。自1980年代以來，台灣地區不斷加大對農業高新技術的研發經費投入。其中，台灣地區對於生物技術及其它農業高科技研究的經費投入遠高於傳統農業科技。與此同時，台灣地區“農委會”對於從事農業科教研究、推廣、教育、農場經營、農業產銷和政策研究等有貢獻者設有專項獎勵，獎金達20—30萬元。此外，台灣地區“行政院”設立有“傑出科技榮譽獎”，“教育部”設立有“學術獎”、“青年研究發明獎”、“大專院校技術人員傑出獎”。“國科會”還設立有研究獎勵費，為從事農業技術研發有成者提供資金扶持。在此推動下，1982—1993年，僅新竹科技園區即擁有生物技術企業11家，占園區企業的6.8%。園區內設立“生物技術產業專業區”。1994年，台灣地區由產學研各機構及相關“部、會”負責人組成“生物技術指導小組”，在此推動下，大批生物技術開發企業和大規模投資計畫相繼出台。與此相伴，自1980年代初以來，台灣地區在種植業、農業機械化技術、漁業、畜牧業、林業、生物技術等領域逐步研發出一系列具有國際先進水準的生產技術。具體如下：
（一）種植業高新技術研發與產業化
自1980年代初以來，台灣地區種植業高科技應用的重點是新技術育種、生物防治和生物固氮、提高土壤肥力等。通過廣泛收集種質資源，開展雜交育種、誘變育種。同時，利用雜種優勢，在水稻、果樹、蔬菜、花卉等品種選育中取得巨大成就。1993年，台灣地區先後育成水稻新品種64個、甘蔗新品種68個。1980年代以來水果育種先後育成10類60多個品種。蔬菜育種培育出早期的蘆筍超雄株育種，之後廣泛利用蔬菜雜交品種優勢利，截至1994年，僅從境外引進育選的葉菜類品種即達725個，蕓薹屬品種為1425個。在生物防治農作物病蟲害方面，台灣地區利用天敵小繭蜂、赤眼蜂、釉小蜂、蚜小蜂分別防治小菜蛾、甘蔗螟、椰子紅葉蟲和棉蚜。此外，還利用性激素防治玉米螟、象鼻蟲、果實蠅等害蟲。利用蘇力菌、白僵菌、黑僵菌防治蔬菜害蟲。利用土壤添加劑、合成營養液、幾丁質添加物、木黴菌孢子懸浮液防治白絹病、韭菜銹病、柑桔線蟲病等。在農藥殘留毒素快速檢測技術方面，台灣地區通過製備對農藥敏感的酵素和微生物，成功開發出快速檢驗農藥殘留毒素新技術。與此同時，台灣地區土壤資源調查已實現資訊化、電腦化管理，土壤改良和肥力管理已採用電腦技術。此外，在豆科固氮菌篩選和土壤接種劑生產、藻類固氮作用研究以及菌根菌等方面的研發成果已進入商品化階段。而且，自1985年台灣大學園藝系完成台灣地區首座電腦園藝系統，台灣地區農業開始步入電腦化時代。自此，以電腦控制作物生物環境的技術集約型設施農業得以迅速普及。
（二）農業生產機械自動化全面普及
1986年，台灣地區已全面實現農業機械化，機械化程度為整地98%、插秧98%、收割97%、烘乾67%。1993年，台灣地區擁有大中型曳引機2052台，耕耘機128243台，聯合收割機29980台。同期，台灣地區在種苗生產自動化、噴藥機械自動化、溫室控制自動化等方面已達世界先進水平。此外，台灣地區還擁有多樣化的自動化農機。另外，台灣地區將超音波感測器應用於噴藥機械。在種苗移植機上搭配視覺系統，從而控制西瓜等穴盤苗的移栽。而且，利用蔬菜種子影像資料進行優良種子篩選。
（三）漁業高新技術研發與應用
1980年代中期至1990年代末，台灣地區在水產生物技術研究方面取得一系列突破，具體體現為：一是用性激素處理培育單性魚苗；二是利用雌核生殖及誘發產生多倍體的方法，控制放養種群，並增加個體生長體型；三是利用生物技術從事養殖環境控制和疫苗製造；四是採用剪眼柄技術促進漁類孵、巢、成熟；五是運用精英移植技術進行蝦魚人工授精。由此，台灣地區飼養的魚、蝦、貝、藻已達65多種。與此同時，自1985年起，台灣地區開始應用衛星遙感技術研判漁場，1989年將其導入解析衛星探測系統，由此，台灣地區海洋捕撈業實現資訊化與電腦化。此外，台灣地區還積極開發利用科學探魚機，極大地提升了漁場探測的指向性、精密度及探測範圍，從而進一步促進捕撈漁業的發展。另外，為解決日益凸顯的養殖漁業環境問題，台灣地區充分利用現代生物技術和電子技術成功開發出五種鰻魚循環水養殖模式和三種草蝦循環水養殖模式，通過微生物製劑和水質處理劑保持養殖池的良性循環。
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