鐵路運輸管理混亂，缺乏統一調度
儘管鐵路線大體通車了，但後勤供應的根本矛盾並未緩解，除了敵機轟炸造成的損失外，最嚴重的問題是由於各部門、各單位之間互不了解，強調各自的重要性，爭車、爭路、爭時間，矛盾和衝突時有發生。經常出現的情況是，搶運上來的不是急需物資而無人卸車，急需的物資又因前沿山洞被占而積壓在後方，由此造成列車運行時間普遍延長。
鐵路軍管局雖然成立，也由雙方共管，但中朝之間仍然存在著很大分歧。在管理方針上，究竟應該採取軍管方式，還是僅僅實行軍事代表制尚未確定；在運力分配原則上，究竟是首先搶運軍需物資，還是以民用和經濟建設物資為主也有爭論。再加上組織機構極不健全，人員思想情緒不够穩定，鐵路運輸的處境仍然十分困難。為此，彭德懷向毛澤東抱怨：對運輸問題“若無速效解決辦法，勢必延長戰爭”。如何協調好各方面的關係，建立統一調度、統一指揮的鐵路運輸機制，從而保障鐵路運輸的安全、暢通，已經迫在眉睫。
關於建立中朝聯合鐵路運輸司令部的問題，早在12月金日成訪問北京時就確定了基本原則。金回到朝鮮後對柴成文說：“前些時候關於鐵路運輸的軍事管制問題，中國同志多次與我們的同志商談，我們總有些人就是不懂得沒有軍事上的勝利什麼也談不上的道理。”並說，“這件事在北京已經商妥，請你轉告高崗同志，就由他委任鐵路人員去辦吧。”但實際上在具體談判中卻困難重重，阻力甚大。
雙方在鐵路管理的基本原則上仍有較大差距
1951年2月19日，負責談判的中方代表葉林（東北交通部部長）、張明遠（東後司副司令員）、彭敏（鐵道兵副司令員）報告：在談判中，朝方往往對問題考慮不周，提出的意見前後矛盾，但其中心思想是明確的。第一，在中朝雙方的運輸量超過朝鮮鐵路運輸能力的情況下，反對中方提出的“應首先滿足軍需運輸”的原則，而對朝鮮經濟恢復的考慮較多。第二，要求朝鮮交通省參與對鐵路的管理。雖同意成立聯合軍運司令部，中方為正，朝方為副，受中朝聯合司令部領導，但須與交通省合署辦公，並建議中國也成立類似朝鮮軍事交通局的機構。第三，在鐵路管理機構問題上，反對實行軍管制。樸憲永提出恢復朝鮮原各鐵路管理局，而將已經成立的臨時鐵路軍管局改為定州管理局。
到3月中旬，雙方在鐵路管理的基本原則方面仍然存在較大差距。軍管與鐵路行政合二為一是戰時提高鐵路運輸效率的有效辦法，而鐵路軍管局則是中朝聯合實行軍管的具體組織形式。對此，朝方不便直接提出反對，而是自行成立了軍事交通局，對鐵路進行控制，還恢復了原管理局機構管界和部分工作（交通省21號令），實際上削弱和限制了軍管局，使其無法完全行使職權。
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