陳智雄被遣返回台灣之初，當局確未關押他，但對他的行蹤卻一直在跟蹤、監視。1961年年底，台灣調查局特工在郵件檢查中發現陳智雄又在籌組“台獨”組織“同心社”，十分震驚，認為他是不可救藥、死心塌地的“台獨”分子，決定將其逮捕。經蔣氏父子同意並批准，1962年，台灣警備總司令部軍事法庭將其起訴，並判處死刑，同案犯戴村德、肖坤旺被各處有期徒刑8年。
1963年5月28日，陳智雄被綁赴刑場槍決。
李敖多次說的“台獨”分子只有1人被處決，但未說出名字，估計指的就是他。
第三個被槍斃的“台獨”分子叫鄭評
鄭評系台灣高雄人，生於1934年。其父原是農民，後以經營雜貨店為生。父母去世後，他繼承了雜貨店。20世紀60年代，鄭的妻子患了乳腺癌。為了救妻，鄭評變賣了所有家產，最後還是未救活其妻。1969年，他帶著兩個年幼的兒子從高雄來到台北謀生，投靠基督教教徒游進龍。游進龍見鄭評窮困潦倒，走投無路，便將他未成年的兩個兒子收留在自己開的面包店當學徒。與此同時，游進龍的朋友、一位姓林的牧師也在經濟上接濟了鄭評，使他一家度過了最困難的時光。
1971年，鄭評因積極參加教會活動，被台灣基督教教會推選為“基督教赴日參訪團”團員，前往日本參加基督教反共聯合會舉行的國際大會。
進入日本的第三天，鄭評認識了“台獨”組織“獨立台灣會”的主要頭目、著名“台獨”分子史明。“獨立台灣會”已成立4 年，史明正在考慮實施“主戰場在島內”的行動計劃，迫切希望在島內找幾個具有“台獨”思想的人，作為“主戰場”在島內行動的幫手。經過數次交談，史明覺得鄭評“台獨”思想堅定，有為“台獨”事業作戰的意願，決定將其吸收為“獨立台灣會”的會員。
史明將自己的想法告訴鄭評時，鄭評表示願意加入，並當即填表辦了入會手續，史明將他編為“台灣第11 號”。鄭評在日本停留期間，史明等“台獨”分子對他進行了“台獨”政治教育和游擊戰的基本行動訓練。
兩個月後，鄭評回到台灣。
根據史明的指示，他將老朋友、一同去過日本的游進龍及柯金鐘、黃坤能、賴錦桐等人吸收進“獨立台灣會”組織，並經常召集他們舉行秘密會議，學習日本總部的指示，研究擴大組織，如何開展爆破、暗殺活動。
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