1950年初，以參議員麥卡錫為代表的右翼勢力掀起了迫害在華外交官的惡浪。謝偉思被指控為“眾所周知的共產黨同夥與合作者”。被派往美國駐印度大使館擔任參贊的謝偉思，赴任途中在海上接到召他即刻返回華盛頓接受國務院忠誠審查委員會訊問的電報。麥卡錫得到消息，得意洋洋地嚷道：“他們把謝偉思召回來了，這一下我可把他們和他都逮住了！”
美國著名外交家喬治.凱南負責審查謝偉思1942年5月到1945年5月所寫的126份報告。他寫道：“我沒有發現什麼跡象足以說明這些報告帶有出自任何不良動機，或聯繫或產生於任何衝動的性質，要說有什麼衝動，那不過是提出報告的官員願意國務院知道他所看到的事實以及他所作的闡釋罷了。我沒有發現什麼跡象足以表明這些報告所報告的不是他向國務院直率闡述的最明智的判斷。恰好相反，報告到處表現出深思熟慮，才思敏捷。在我看來，它不可能是一個心地狹隘或懷有偏見的人的手筆。”
謝偉思當年的上司高斯大使在國務院忠誠委員會為謝偉思作證時稱讚說：他是傑出的。在我整整39年的工作中，我不知道有任何官員給我的印象比約翰.謝偉思更好……他是真正的美國人，不偏不倚。他對我們所遇到的所有政治問題的態度是客觀的。
忠誠審查委員會據此作出對謝偉思有利的裁決。
1951年秋，謝偉思又一次收到忠誠審查委員會的傳票。12月14日，由賓厄姆任主席的這個委員會給謝偉思增加了一項新罪名，作出“對他的忠誠是有理由表示懷疑的”的結論。幾小時後，謝偉思被開除出國務院。
為了謀生，謝偉思不得不到一家製造閥門的公司工作。善於鑽研的謝偉思甚至設計出一項新產品並取得了專利。但他從未停止過對自己所受不公平待遇的申訴。1957年6月17日，最高法院作出對謝偉思有利的判決。7月3日，謝偉思恢復1951年被開除的職位。9月，謝偉思重新回到國務院工作，不過再也沒受重用。
時隔26年後重新踏上中國的土地
1962年5月，53歲的謝偉思決定提前退休，回到伯克利定居。1964年謝偉思取得文學碩士學位，接著進修哲學博士的課程。不久，他受聘擔任加利福尼亞大學中國問題研究中心的圖書館館長。1969年春，研究中心決定把謝偉思提升為正式專家，著名中國學家費正清教授親自寫了推薦書。“我想向負責遠東事務的助理國務卿推薦，但是我料想你會要他呆在伯克利。我私下卻把他列入全國性的坐標與文化上的英勇戰士的一級。”謝偉思如願得到提升，他欣慰地對朋友說：“用中國話來說，我是得到了一點面子。”
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