90年代：空殼能源部
1988年5月，根據七届全國人大常委會原則批准的國務院機構改革方案，能源部正式成立，黃毅誠任部長。
“那次成立能源部一個最大進步是從一開始就確立了政企分開的原則。”陳望祥回憶，新成立的能源部擔負規劃、政策、協調、法制等職能。煤炭部、石油部、核工業部、水電部撤銷，分別改組爲能源部下面的石油總公司、煤炭總公司、核工業總公司和中國電力企業聯合會，向企業職能轉型。
陳望祥也在這時轉到中電聯任秘書長。在他看來，煤炭總公司和核工業總公司都是正部級機構，名義上改成了公司，但和原來的部委運作模式沒有多大區別。
問題隨之産生。石油、核工業兩家總公司都不願參加能源部，只同意派幾個人到能源部來成立石油辦公室和核工業辦公室，有什麽事通過這兩個辦公室與能源部聯絡。
因此，實際上只有煤炭、電力這兩塊幷到了能源部，能源部的人員大部分也來自原電力部。
這以後，更多的矛盾顯現。由于石油、煤炭和電力項目的審批權都在國家計委，能源部和當年的國家能委一樣，仍然是有職無權。同時，在石油總公司和核工業總公司不參加的情况下，煤炭部到了1990年也宣布退出，專心做煤炭總公司去了。
1993年3月，八届全國人大一次會議决定撤銷能源部，再次組建電力工業部和煤炭工業部。
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