風暴之後未見晴天
最終，《環境影響評價法》於2003年9月1日開始實施，它後來成爲環保工作的一把利劍。環保總局開始逐步告別弱勢影子，試圖用更多的技術性手段來解决環保問題。
2005年年初，環保總局首次大規模對外公布了觸犯這部法律的30個違法開工項目。這分布在13個省市的30個違法開工項目，總投資達1179.4億元，其中火電項目20個、水電項目3個、輸電項目3個，其餘爲石化、造紙、公路、堤防等項目。社會各界對此反響强烈，因此給環保總局的行動起名爲“環保風暴”。
這30個項目都屬於未批先建的違法工程。環保總局對其幷沒有“一棍子打死”，而是責令其進行有效的整改，整改之後這些項目完全可以繼續建設下去。但是矛盾仍然出現了。
有22個違法項目已按規定停止了工程建設。可是，人們注意到，包括名列違法名單前三名的、與環保總局同級單位的三峽總公司投建的3個項目在內的8個項目，沒有執行停建的規定。環保總局面臨的壓力陡然加大。緊接著，環保總局對三峽總公司發出了行政處罰事先告知書和限期改正通知書，最終後者被處以60萬元的罰款。
接下來兩年，每年年初，環保總局都要刮一場“環保風暴”。然而，勢頭猛烈的風暴背後却飽含國家環保總局官員的辛酸：“非但企業不執行環保法律，甚至一些地方政府、地方環保局也在袒護企業。”
2007年伊始，環保總局掀起了一場更猛烈的“環保風暴”：首次啓動了“區域限批”政策來遏制高污染高耗能産業的迅速擴張趨勢。這是環保部門成立近30年來首次啓用這一行政懲罰手段。
在這一次“環保風暴”中，多家高污染行業受到環保總局嚴厲處分。一時間，“環保總局正在成爲明星部委”的說法開始出現。也就在這時，國家環保總局副局長潘岳對外宣稱：“風暴式執法已經走進困局，環保總局能够動用的所有技術手段都已經用完。”
潘岳表示，“環保風暴”是一場漫長而艱辛的拉鋸戰。每一次，“風暴”都未能如願變成常規性制度固定下來；每一次，“風暴”能改變的都遠遠不如人們期待的多。
而有觀察家對“環保風暴”作出如是分析：過去數年環保總局從“環評風暴”到“區域限批”，無不是唱獨角戲。加上地方政府明里暗里抵制，更使環保總局孤掌難鳴。
在“環保風暴”之後，環保總局尋找新的出路：制度建設。然而制度建設比“風暴”更加艱辛。潘岳說：在不同部門、地方和行業的利益沖突之間，在人們過高的期望和可能不那麽完美的結果之間，亦有夭折的可能。
2007年的下半年，國家環保總局開始探索激勵各級政府和企業長期有效配置環境資源的機制，幷出台多項政策——在後來被定爲環保綠色政策體系的多個細則文件中，該局與銀監會確定針對污染行業的信貸限制、聯合證監會對污染行業實施上市和再融資限制以及聯合保監會出台綠色保險制度等。
在這個環節中，一個突出的技術特征開始出現，環保總局已經開始跳出部委執法單一性的困境，而是試圖將環保工作更多地與其他部委權限進行交織，已經初步體現出“大環保”的思路。
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