其次，對口支援的實施、管理體系和激勵機制不健全。一方面不利於激發參與支援工作的不少發達省市的企事業單位及有關人員的積極性，另一方面也無法保證支援工作達到預期目的。例如，有些項目的前期開發程序不規範，有的項目則在簽訂後難以落實，還有不少項目在實施過程中夭折，這些問題導致一定程度上挫傷了雙方的積極性。
再者，缺乏科學、有效的評估機制。例如，在有關對口支援工作中，因政策評估工作缺失，導致一些事實上已經失效的政策目前仍然在實施。同時，現行的對口支援政策監督的廣度和深度還不夠，監督的內容還不完整，缺乏績效監督的內容。
其四，受援方和支援方均存在著一些不足。國務院發展研究中心研究員、技術經濟研究部前部長郭勵弘認為，在以往的災害損失嚴重地區對口支援中，由於缺乏和當地經濟社會發展相協調的系統規劃，導致“受災地區的房子、基礎設施可能建得很好，卻很難形成產業。”受援方在選擇援助項目時，有“短視”現象，存在著以爭取資金物資為主、以爭取無償支援解決眼前困難為主、單純追求項目數量、存在一定的“面子”工程等問題。同時，支援方對援助工作的思想認識高度不夠，確定援助項目時注重追求自身的利益，援助資金使用效率不高，對援助項目的後期追蹤管理力度不夠等問題。
還有，未能正確處理援助政策實施過程中市場與政府的關係。很多項目是在政府主導下開展的，難免重蹈計劃經濟的覆轍，資源配置效率低下；有的是政府服務政治大局意識不強，未能充分發揮引導作用，呈現政府“越位”和“缺位”的現象。
針對上述問題，熊文釗認為，“當前的對口支援還不是制度性的安排，更多地表現為一種應急處理。”因此，他認為需要加快將其納入法制化軌道，轉化為制度性安排，“通過一套制度、一套標準和一套程序，以法律形式將對口支援關係固定下來，區分無償援助與有償援助的經濟協作，建立市場化的支援項目的跟蹤協調制度，這是對口支援政策長期有效實施的保障。” |
