儘管通過此次對話，中美兩國已形成了相互依存、互利共贏的合作格局，但雙方在很多問題上依然存在分歧。張燕生舉例說，中美貿易的不平衡，使得兩國在執行WTO規則的過程中產生分歧，美國發起的大量救濟措施並不能對中國產業政策造成的貿易扭曲產生影響，也無法消除美中貿易逆差的深層次原因。另外，通過WTO機制應對中美之間的系統性貿易不平衡，也無法涉及更廣泛領域的問題，如環境污染、工人權利的濫用等。“因此，這次對話中，雙方同意在發起貿易救濟調查和實施貿易救濟措施時，嚴格遵守WTO的規則，以防止其濫用，非常重要”，不過，他同時表示，基於WTO框架下處理中美經濟貿易的分歧，從目前來看是不夠的。因此，通過高層對話回到中美兩國對話合作框架中來，回到開放的貿易和投資框架中來，應當是兩國政府、企業、學術界共同探討和努力的方向。
對於對話重申兩國創新政策將與非歧視性原則保持一致，張燕生認為，當前美國企業要求中國取消自主創新產品的優先採購政策，但由於中美兩國各自的技術優勢不同，因此在這個問題上的核心利益也不同。“美國的核心利益是防止其核心技術的外溢和擴散，因此在這次會談中，中方表達了對美國技術出口管制的關注。而中國的核心利益是發展自主創新能力，但美國很多企業包括在華美國商會都認為，這是對美國進口產品的歧視。”
張燕生表示，中美兩國在很多核心利益上有重大分歧，但同時也有合作基礎，因此，只有通過“增加溝通，擱置爭論，先易後難、求同存異”才能一步步構建兩國的共同利益。
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