2006年末，南京市決心將150年初毀的大報恩寺恢復盛況，著手重建琉璃塔。為配合這項重建工程，南京市考古工作者對大報恩寺遺址進行全面發掘。
在考古工作開始之初，考古隊員們就心存擔憂，大報恩寺琉璃塔地宮真的還存在嗎？自清末寶塔被毀，南京這座名城歷經了多次戰亂，無數珍貴古跡蕩然無存，大報恩寺本身就深受其害。抗日戰爭期間，日寇占領南京，不僅製造了慘絕人寰的南京大屠殺，大報恩寺遺址中瘞藏玄奘法師頂骨舍利的三藏塔地宮也於1942年遭到日寇盜掘，地宮中供養的各類珍寶盡失，玄奘法師頂骨舍利被分成10多份，從此流散世界各地。琉璃塔地宮是否也在此過程中遭遇不測呢？
2007年末，經過1年多艱苦的田野發掘，考古隊終於在遺址的最高處，當地稱為寶塔頂的地方發現了一處塔基遺跡。塔基的平面呈正八邊形，最大對徑約為25 米。經過細致的比對，考古隊發現這座塔基的位置、形狀、尺寸與明代大報恩寺琉璃塔的歷史記載完全一致。在塔基的正中心發現一個圓形開口，直徑2.2米。考古隊確認它就是地宮入口。然而，塔基和地宮被發現時已經千創百孔，它們被下水道、防空洞、現代房基，甚至是炸彈坑等各種人為活動所破壞，不僅塔基無一邊完整，地宮中心部位也被一個防空洞挖去了1米多深。這些坑道是否一直深入地下，破壞了地宮的核心區域？在地宮正式開挖之前，這個問題讓考古隊員日夜揪心。
考古新發現
2008年4月，經國家文物局批准，考古隊正式發掘地宮。通過發掘，考古隊發現地宮中的填土十分特別：一層黃土，一層石塊，逐層夯打，如同混凝土一樣堅實，從上至下共有40層，將地宮保護得非常嚴密。而且未發現地表坑道有深入地下的痕跡，
由此可知地宮未遭盜掘，考古隊懸著的心終於放了下來。
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