1991年蘇聯的解體和東歐巨變改變了美國對華政策的基礎，以1989年發生的“六？四風波”為借口，美國開始了對中國內政的干涉，企圖以壓促變，希望中國能步蘇東之後塵，中美關係經歷了一個個危機，進入了一個艱難的磨合期。1992年，布什政府違背美國政府在售台武器問題上承諾，向台灣出售了價值60億美元的戰機；1995年美國政府出爾反爾允許“台獨”教父李登輝訪問美國，在國際上兜售其分裂國家的圖謀；1999年以美國為首的北約在對前南斯拉夫進行干涉和轟炸的過程中炸毀中國駐南斯拉夫大使館，遭到中國政府和人民的強烈抗議；2001年，小布什政府上台不久，加大對中國的空中偵察，美國間諜飛機撞擊中國戰機，造成機毀人亡的惡性事件……美國對中國主權的侵犯遭到中國政府的強烈反對和抗議，也使中美雙邊關係不斷遭受挫折。
值得欣慰的是，中美關係的基礎已經發生了發變化。在新的形勢下，中美共同利益不是在減少，而是在增多；合作面不是在變窄，而是在拓寬。雖然蘇聯因素不存在了，作為大國，中美雙方在維護世界和平、解決全球和地區問題上，都具有重要的利益。諸如在防止大規模殺傷性武器的擴撒，解決朝鮮半島和伊朗問題、在維護台灣海峽地區的和平等問題上，在打擊跨國犯罪、應對氣候變化、自然災害救援、重大疾病防控等領域，雙方都具有廣泛的共同利益，加強溝通與合作成為中美雙邊關係的新的戰略基礎。
更為重要的是，在八十年代中美關係平穩發展時期，中美快速發展的經貿關係已經成為雙邊關係的重要的基礎之一，而這一基礎在冷戰結束全球化的時代已經取代雙邊戰略合作成為雙邊關係的新的基石。中美建交的1979年，雙邊的貿易額只有24億美元，到2008年這一數字已經增加到3000多億美元，兩國已互為第二大貿易夥伴。雙方在能源、環境、投資保護、金融服務、產品質量和食品安全等一系列新領域都開展了富有成效的對話與合作。
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