9月24日日方釋放中國船長後，10月4日溫家寶總理在比利時與菅直人首相進行了交談，11月13日胡錦濤主席在出席亞太經合組織第18次領導人非正式會議期間同菅直人首相進行了會晤。雙方在釣魚島領土問題上表明各自立場的同時，重點就加強各領域交流合作，推動兩國關係進一步改善和發展達成共識。經過雙方共同努力，中日關係得到一定恢復和改善。在這一過程中，前國務委員唐家璇於10月末率團出席在日本新潟縣舉行的第五屆中日友好21世紀委員會第二次會議，並在會後與菅直人首相、仙穀由人官房長官、前原誠司外相等日本政要進行了直接深入交談，取得明顯效果。
領土主權問題非常敏感，日本一般民眾對日本在1895年利用甲午戰爭非法竊取霸占中國釣魚島的歷史真相並不了解，所以釣魚島“撞船事件”在日本民眾中產生了比較普遍的對華不滿情緒。“撞船事件”對兩國關係造成的“內傷”，還需付出較長時期的艱苦努力才能愈合。但是，中日兩國民間友好交往有著深厚的基礎和廣泛渠道，兩國民間特別是青少年之間友好交往依舊是大勢所趨，兩國政府和各種友好團體也在其中發揮著重要作用。儘管發生了釣魚島“撞船事件”，中國仍邀請了1000名日本青少年參觀上海世博會，中方分別有六批共計2000多名高中生及部分教師應邀訪問了日本。
近期：不穩定仍將持續
從近期看，中日關係還有不穩定因素；從中長期看取決於中日雙方的根本利益和日本未來是否走和平發展道路。
近期，2010年12月3月至10日，美日在日本周邊海域舉行大規模聯合軍演，12月17日，日本新防衛計劃大綱出台，這些都給中日關係帶來負面影響。特別是民主黨執政後制定的第一個防衛計劃大綱，有可能對中日戰略互惠關係造成實質性的損害。
中日之間的歷史問題與台灣問題、領土爭議、東海權益、地緣戰略競爭、民族情緒等交織在一起，形成一種特殊的結構性矛盾。這就是中日關係所具有的特殊性。在一定戰略導向的影響下，日本的軍事力量夥同美國，有可能在我國周邊地區對我國構成最大威脅。日本右翼反華勢力還會從不同角度牽制中日關係的發展。即便在和平環境下，日本右翼勢力與“台獨”、“藏獨”、“疆獨”等加強勾結，在日本社會“妖魔化”中國，也會損害中國的國家安全利益，影響日本民眾的對華感情。釣魚島爭議和東海油氣資源開發的矛盾一旦激化，中日民眾情緒對立還可能上升，未來中日關係的發展還可能出現曲折。
根據《中日和平友好條約》，中日雙方不以武力和武力威脅解決彼此之間的任何爭端；兩國政府還就使東海成為和平之海、友誼之海、合作之海達成共識。然而，日本防衛省已決定在沖繩縣的與那國島、石垣島、宮古島等島嶼部署陸上自衛隊部隊。該計劃寫入了2010年《防衛計劃大綱》，這至少會對未來五年日本自衛隊的戰略走向產生重要影響，從而加劇中日政治安全的互不信任和地緣戰略矛盾。但是，目前日本仍受到憲法第九條的制約，難以對外發動戰爭。
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