計算成本和效益的方法很多，若是正確使用的話，不可能出現自相矛盾的結論，所以隨便選用一種便可。機管局用的是淨現值，即是把未來五十年每一年得到的社會效益減去該年的建設成本（不一定把環保成本充分考慮），再把這些淨效益（或虧損）用每年4%的折現率還原為今天的折現值，把這五十年的淨效益的折現值加起來，便是機管局所稱的淨現值。
為什麼用折現值？假若我們有兩個選擇，一是今天可得一百元，二是明年可得一百元。明顯地，我們會揀第一選擇，因為今天拿到一百元後放在銀行賺息，明年可得超過一百元。由此觀之，將來收取的效益或付出的成本，都必須用折現率打個折扣，才能還原為今天的價值。理論上，若總效益的折現值減去總成本的折現值（即淨現值）大於零，相關項目便物有所值，可以進行。
回報甚大似受高估
據機管局的中性估算，我們可以知道，它認為第三條跑道可在未來五十年帶來九千九百八十二億元折現值的經濟效益，但要付出八百六十二億元折現值的建造成本，前者減去後者便是九千一百二十億元的淨現值。根據這組數字，不去建第三條跑道，便等於即時放棄以今天價值來估算的九千一百二十億元橫財，沒有誰可以負得起這個罪名。就算再把環保等成本也考慮在內，淨效益也一樣極為明顯。
通常某個項目的效益折現值比成本折現值高出幾十個百分點，我們已認為該個項目的回報不錯，值得進行。但第三條跑道中性估計的效益卻是成本的11.6 倍，我反而感到不安。不安的原因是，懷疑效益有否受到高估，效益比成本高出這麼多是很罕有的事，對此我不得不用上一段時間，反覆推敲機管局的數據。
機管局的估算，很大程度上是基於未來二十年香港、內地與世界的GDP 的增長速度，GDP 愈高，所需飛機航班亦愈多，跑道帶來的效益便愈大。機管局估計香港GDP 每年平均會以3.2%速度增長，中國是7%，世界是4%。我大致同意它對香港的預測，但認為它對中國的看法稍嫌保守，對世界的看法則太樂觀。保守預測的部分可被樂觀預測的部分抵消，就算修改GDP 的預測，對跑道效益折現值的估計不會有重要影響，我們的注意力不用放在GDP 的估算是否出錯之上。
高鐵的出現，理論上會對航空業構成競爭，降低第三跑道的效益。但對港人來說，到不太遠的內地城市才會用高鐵（我坐過高鐵，的確比坐飛機舒適）。據機管局的數據，只有3%的航空旅客是以這些地方作起點或目的地，所以高鐵對航空業的影響不大。我認同這觀點。
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