環保部門認為光以PM10濃度為標準不全面
杭州市環保部門認為，排名的科學性值得商榷。理由有二：
第一，排名引用的數據，摘自於2010年《中國統計年鑒》數據，也就是2009年1月1日至2009年12月31日期間的監測數據，而不是現在的最新數據，所以不能代表杭州現在的空氣質量。
2009年時，杭州的PM10濃度是0.097毫克／立方米，今年截止到11月底，已經降到0.091毫克／立方米。
另外，根據《中華人民共和國環境保護法》和《中華人民共和國大氣污染防治法》，PM10是評價空氣質量指數的重要指標之一，但除此之外，還有另外兩個指標，二氧化硫和氮氧化物。如果單純只以PM10濃度為標準，並不能全面代表大氣質量。
環保部門認為
杭州三面環山
是排名在上海後面的一個客觀原因
為什麼杭州排名在上海之後？
環保部門認為，這主要是由杭州的地理和氣象條件決定。
杭州三面環山，從氣象擴散條件上來說，就比同等城市、沿海城市要差很多。而上海是沿海城市，在空氣污染物散發上就要比杭州好很多。
第二，這幾年杭州的機動車保有量增長迅猛，也是影響空氣質量的一個主要原因。截至2010年末，整個大杭州機動車為184.04萬輛，而到了今年10月底，市區又新增22.24萬輛機動車。車多了，一氧化碳、碳氫化合物、氮氧化物、懸浮顆粒物排放量就大幅上升，這也是PM10濃度升高的重要原因之一。
另外，杭州目前依然存在一些造紙、印染等污染行業，能源結構也仍以煤炭為主，也使污染物排放量居高不下。
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